员工请假三个月是否合法，不能一概而论，需要结合具体情况和相关法律法规来综合判断。以下是从不同角度进行的分析：
请假类型与规定：
- 病假：如果员工因病需要请假三个月，且能提供有效的医疗证明，那么根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工在医疗期内享有病假工资或疾病救济费，且用人单位不得因此解除劳动合同。医疗期的具体长度根据员工的工作年限和在本单位的工作年限来确定，但通常会有一定的上限，且三个月的病假在多数情况下是可能被接受的，只要符合医疗期的规定。
- 事假：事假通常没有明确的法律规定，其批准与否和时长一般由用人单位根据内部规章制度来决定。如果员工因个人原因需要请假三个月，且用人单位的规章制度中未对此有明确限制，或者员工能够与用人单位协商一致，那么请假三个月也是可能的。但如果规章制度中有明确限制，或者用人单位不同意，那么员工请假三个月可能就不合法或不被批准。
- 年假、婚假、产假等：这些假期的时长和批准条件通常由法律法规或用人单位的规章制度明确规定。例如，产假通常根据当地的计划生育政策来确定，且一般会有明确的时长限制。如果员工试图将这些假期延长至三个月，且不符合法律法规或规章制度的规定，那么这样的请假就是不合法的。
用人单位的规章制度：
- 用人单位的规章制度是判断员工请假是否合法的重要依据。如果规章制度中明确规定了请假的流程、时长限制以及批准条件等，那么员工在请假时就需要遵守这些规定。如果员工违反了规章制度中的规定，那么用人单位有权拒绝批准其请假申请，甚至可能因此解除劳动合同。
劳动合同与集体合同：
- 劳动合同和集体合同中也可能包含关于请假的条款。如果这些条款与法律法规或用人单位的规章制度相冲突，那么通常以法律法规为准。但如果这些条款对员工更有利，且不违反法律法规的强制性规定，那么这些条款就可以作为判断员工请假是否合法的依据。
法律后果：
- 如果员工未经批准擅自离职三个月，或者请假申请被拒绝后仍坚持离职，那么这可能构成旷工。旷工达到一定天数后，用人单位有权依据规章制度或劳动合同解除劳动合同，且可能不需要支付经济补偿。
- 如果员工请假三个月是合法的（如符合医疗期的规定），但用人单位拒绝批准或解除劳动合同，那么员工可以通过劳动仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。
建议：
- 员工在请假前应仔细阅读用人单位的规章制度和劳动合同中的相关条款，了解请假的流程、时长限制以及批准条件等。
- 如果员工因病需要请假三个月，应及时提供有效的医疗证明，并按照规定的流程申请病假。
- 如果员工因个人原因需要请假三个月，应与用人单位进行充分沟通，尽量协商一致，并遵守用人单位的规章制度。
- 如果员工在请假过程中遇到问题或争议，应及时咨询专业律师或劳动仲裁机构，以维护自己的合法权益。
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