员工自离后，工资一般应在离职时一次性结清。不过，具体结清时间可能因实际情况和地方规定而有所不同，以下从不同角度为你详细分析：

一、法律规定角度

根据《工资支付暂行规定》第九条，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。这意味着，从法律层面讲，员工自离（即自行离职，未按照正常程序办理离职手续）后，用人单位应当在离职时一次性结清工资。

二、实际操作角度

1. 如果员工自离时，用人单位能够立即核算并支付工资：

   • 那么用人单位应当在员工离职时一次性结清工资，包括基本工资、奖金、津贴等所有应得收入。

2. 如果员工自离时，用人单位因故无法立即核算并支付工资（如需要等待财务部门核算、需要员工配合提供某些材料等）：

   • 用人单位应当与员工协商确定一个合理的支付时间，并尽快支付。这个时间通常不会太长，以确保员工的合法权益不受侵害。

三、地方规定角度

不同地区可能对工资结清时间有具体规定。例如，有些地方可能规定用人单位应在员工离职后的一定期限内（如3个工作日、7个工作日等）结清工资。因此，在具体操作时，还需要参考当地的相关规定。

四、特殊情况处理

1. 如果员工自离给用人单位造成了损失：

   • 用人单位可以依据劳动合同或相关法律法规的规定，要求员工承担相应的赔偿责任。但这并不影响用人单位支付员工应得工资的义务。用人单位可以在支付工资时扣除相应的赔偿金额，但扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。

2. 如果员工与用人单位就工资结清问题存在争议：

   • 双方可以协商解决；协商不成的，可以向劳动争议调解委员会申请调解；调解不成的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼。

五、建议与提醒

1. 对于员工而言：

   • 在自离前，最好与用人单位就工资结清问题进行沟通，确保自己的合法权益不受侵害。
   • 如果用人单位拒绝支付工资或拖延支付工资，员工可以依法维护自己的权益。

2. 对于用人单位而言：

   • 应当建立健全的工资支付制度，确保在员工离职时能够及时、准确地核算并支付工资。
   • 如果员工自离给用人单位造成了损失，用人单位应当依法要求员工承担赔偿责任，但不得以此为由拒绝支付员工应得工资。

如果你在工资结清方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。