针对您提出的“员工未申请离职可以不发工资吗”这一问题，我的明确回答是：不可以。即使员工未申请离职或擅自离职，用人单位仍需支付其应得的工资。以下是我为您提供的详细解释和分析：
一、法律依据与工资支付义务
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一条款明确指出了用人单位有按时足额支付劳动者工资的法定义务。只要员工为用人单位提供了劳动，无论其是否提前提出离职申请，都有权获得相应的劳动报酬。
二、劳动关系与工资支付的关系
员工未申请离职或擅自离职，虽然可能违反了劳动合同的约定或公司的规章制度，但这并不影响其与用人单位之间存在的事实劳动关系。只要员工在离职前为用人单位提供了劳动，用人单位就应当支付相应的工资。离职手续的办理是用人单位内部管理流程的一部分，不能作为拒绝支付工资的理由。
三、用人单位的责任与应对措施
支付工资：用人单位在员工未申请离职或擅自离职后，仍应积极与员工沟通，催促其办理离职手续，并结清工资。这是用人单位的法定义务，也是维护员工合法权益的重要体现。
追究经济损失：如果员工的擅自离职给用人单位造成了经济损失，如工作交接未完成导致业务受损、招聘费用损失等，用人单位可以依法要求员工承担赔偿责任。但这种赔偿与支付工资是两个独立的法律问题，不能相互抵消。用人单位在扣除赔偿费用时，必须遵循法定程序和比例原则，确保不侵犯员工的合法权益。
合法途径解决纠纷：如果员工拒绝配合办理离职手续或结清工资，用人单位可以通过合法途径解决纠纷，如发送催告函、提起劳动仲裁等。这些途径有助于维护用人单位的合法权益，同时确保纠纷得到公正、合理的解决。
四、实践建议
及时沟通：发现员工未申请离职或擅自离职后，用人单位应第一时间与员工取得联系，了解其离职原因和意愿，并催促其尽快办理离职手续。
保留证据：妥善保存与员工之间的劳动合同、考勤记录、工资支付凭证等相关证据，以备不时之需。这些证据在纠纷解决过程中将发挥重要作用。
依法处理：在处理员工未申请离职或擅自离职的问题时，用人单位应严格遵守相关法律法规和规章制度，确保处理措施合法、合规、合理。
综上所述，员工未申请离职或擅自离职并不影响其获得应得工资的权利。用人单位应依法支付工资，并通过合法途径追究员工因擅自离职造成的经济损失。希望这些解答和建议能对您有所帮助。