农村自建房在合规合法的情况下，一般是可以拿到房产证的，但需要满足一定条件并履行相应手续。具体分析如下：

1. 土地使用权合法：农村自建房必须建在合法的宅基地上，且宅基地使用权需经依法审批取得。根据《土地管理法》及相关规定，农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。若宅基地使用权未经合法审批或存在超占、多占等情况，将影响房产证的办理。

2. 规划许可合规：自建房需符合当地乡村规划要求，并取得乡村建设规划许可证。根据《城乡规划法》，在乡、村庄规划区内进行乡村公共设施和公益事业建设以及农村村民住宅建设，不得占用农用地；确需占用农用地的，应当依照《土地管理法》有关规定办理农用地转用审批手续后，由城市、县人民政府城乡规划主管部门核发乡村建设规划许可证。未取得规划许可或违反规划许可建设的房屋，将无法办理房产证。

3. 建设手续完备：自建房需按照规划许可的要求进行建设，并在竣工后通过验收。建设过程中，应确保施工质量符合相关标准，避免出现安全隐患。竣工后，需向相关部门申请验收，验收合格后方可办理房产证。

4. 产权登记申请：在满足上述条件后，房屋所有权人需向当地不动产登记机构申请产权登记，并提交相关证明材料，如宅基地使用权证、乡村建设规划许可证、房屋竣工验收证明等。不动产登记机构将对申请材料进行审核，审核通过后颁发房产证。

特殊情况说明：

• 若自建房存在历史遗留问题，如未取得合法审批手续但已建成多年且符合当地政策规定的，部分地区可能允许通过补办手续的方式办理房产证。但具体政策因地区而异，需咨询当地相关部门。
• 若自建房涉及拆迁、征收等情形，需根据当地拆迁政策办理相关手续，并可能影响房产证的办理。

建议：

• 在自建房前，务必了解并遵守当地土地管理、城乡规划等相关法律法规，确保土地使用权合法、规划许可合规。
• 在建设过程中，注意保留相关证明材料，如审批文件、施工合同、验收报告等，以便后续办理房产证时使用。
• 若对自建房办理房产证的具体流程或要求有疑问，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细解答。