医师未经注册在医疗机构执业，医疗机构将面临一系列行政处罚。以下是对此问题的详细分析：

1. 行政处罚的法律依据：

   • 根据《中华人民共和国医师法》的相关规定，医师必须按照注册的执业地点、执业类别、执业范围执业。若医师未经注册在医疗机构执业，即属于违法行为，县级以上人民政府卫生健康主管部门或中医药主管部门有权对其进行行政处罚。

2. 行政处罚的具体措施：

   • 责令改正与警告：卫生健康主管部门会首先责令医疗机构改正违法行为，并给予警告，以警示其不得再次发生类似行为。
   • 没收违法所得：若医疗机构因医师未经注册执业而获得了违法所得，卫生健康主管部门将没收这些违法所得，以剥夺其继续从事违法活动的物质基础。
   • 罚款：根据违法情节的严重程度，卫生健康主管部门可对医疗机构处以一万元以上三万元以下的罚款。若情节特别严重，罚款金额可能更高，甚至可能达到十万元。
   • 暂停执业或吊销证书：对于情节严重的违法行为，卫生健康主管部门可责令医疗机构暂停六个月以上一年以下的执业活动，直至吊销其医疗机构执业许可证。同时，对于直接负责的主管人员和其他直接责任人员，也可能面临暂停执业活动或吊销医师执业证书的处罚。

3. 行政处罚的考量因素：

   • 卫生健康主管部门在决定行政处罚的具体措施时，会综合考虑违法行为的性质、情节、后果以及医疗机构的态度和整改情况等因素。例如，若医疗机构能够积极配合调查、主动整改并消除危害后果，可能会从轻或减轻处罚；反之，若医疗机构拒不配合调查、隐瞒事实真相或继续从事违法行为，则可能会受到更严厉的处罚。

4. 法律建议与风险提示：

   • 严格遵守法律法规：医疗机构应严格遵守《中华人民共和国医师法》等相关法律法规的规定，确保所有医师均按照注册的执业地点、执业类别、执业范围执业。
   • 加强内部管理：医疗机构应建立健全内部管理制度，加强对医师执业行为的监督和管理，防止医师未经注册执业等违法行为的发生。
   • 积极应对行政处罚：若医疗机构因医师未经注册执业而面临行政处罚，应积极配合卫生健康主管部门的调查和处理工作，主动整改并消除危害后果，以争取从轻或减轻处罚。

总结来说，医师未经注册在医疗机构执业是违法行为，医疗机构将面临责令改正、警告、没收违法所得、罚款以及暂停执业或吊销证书等行政处罚。因此，医疗机构应严格遵守相关法律法规的规定，加强内部管理，防止类似违法行为的发生。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。