招标代理合同约定由中标人支付费用，在符合法律法规且事先明确约定的情况下，是合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、合法性依据
法律法规基础：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》第十二条，招标人有权自行选择招标代理机构，并委托其办理招标事宜。这表明招标人与招标代理机构之间存在委托关系，招标代理机构应依法收取代理费用，并按照委托合同约定进行。这是招标代理服务费收取的基本法律依据，强调了合法、公平和透明原则。
政策调整与市场调节：
- 相关政策文件，如《关于放开部分服务价格意见的通知》及后续文件，逐步放开了招标代理服务收费标准，由政府指导价改为市场调节价。这赋予了市场主体更多自主定价空间，但并未否定招标代理机构向中标人收取服务费的合法性。
支付主体与约定：
- 常规做法中，招标代理服务费通常由招标人支付。然而，若招标人、招标代理机构与投标人有特别约定，并达成一致意见，招标代理服务费可以由中标人支付。这种约定必须在招标文件中明确，以确保投标人充分了解并接受该条件。
二、特定情况下的合法性分析
招标文件与合同约定：
- 如果招标文件中有明确规定或合同中有相应条款约定招标代理费由中标单位支付，并且这一约定清晰、无歧义，不违反法律法规的强制性规定，那么这样的做法是合法的。
- 明确性要求：约定必须清晰明确地写在招标文件中，以便潜在投标人在参与投标时能清楚知晓费用承担事项。
- 合法性要求：相关约定不能存在不合理的歧视性或排他性条款，以确保招投标活动的公平、公正和公开。
双方共识与未中标单位权益：
- 招标人与中标单位需在招标文件和合同中达成明确的共识，并确保该约定不会损害其他未中标单位的合法权益。
三、实践中的注意事项与合规要求
透明度与合规性：
- 整个招标过程应遵守法律法规，确保合法性和合规性。
- 招标代理机构应在采购文件中明示代理费用收取方式及标准，并在中标结果中公开项目代理费用收费情况。
避免违规约定：
- 采购文件中不得包含如“中标人不支付代理费将不退还投标保证金”或“中标人不支付代理费将不发放中标通知书”等不合规条款。
四、不合法的情况
- 违反法律法规强制性规定：若相关法律法规明确规定代理费应由招标人支付，而实际约定由中标企业支付，且没有合法有效的理由或约定，则此约定可能无效。
- 存在恶意串通等违法行为：招标人与招标代理机构若恶意串通，通过设定高额代理费并要求中标企业支付以排除其他投标人竞争，此行为违法。
五、建议
- 招标人：在招标前，应明确费用承担方式，并在招标文件中清晰表述，以避免后续产生不必要的纠纷。
- 中标单位：在参与投标时，应仔细审查招标文件中的相关条款，如有疑虑应及时提出质疑或咨询专业律师。
- 招标代理机构：应遵循诚信、公正的原则，合理确定服务费用，并在采购文件中明示代理费用收取方式及标准，维护市场秩序和当事人的合法权益。
综上所述，招标代理合同约定由中标人支付费用，在符合法律法规且事先明确约定的情况下，是合法的。但在实际操作中，应确保费用承担方式的明确性、合理性和合法性，以维护招投标活动的公平、公正和顺利进行。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。