针对您提出的问题，即事实为收养关系的父子但户口簿上的关系写的是其他亲属，是否可以申请特困供养，以下是我的详细解答：
首先，我们需要明确特困供养的定义和申请条件。特困供养，全称特困人员救助供养制度，主要是针对无劳动能力、无生活来源且无法定赡养、抚养、扶养义务人，或者其法定义务人无履行义务能力的城乡老年人、残疾人以及未满16周岁的未成年人。这是国家为了保障这部分最困难、最脆弱人群的基本生活而设立的一项制度。
接下来，我们分析您的情况。您提到的是事实收养关系，但户口簿上关系写的是其他亲属。这里需要明确的是，户口簿上的关系记录并不完全决定收养关系的法律效力。根据《中国公民收养子女登记办法》，收养关系的成立需要依法进行登记，并领取收养登记证。因此，判断收养关系是否成立，关键在于是否依法办理了收养登记手续，并取得了收养登记证。
如果您已经依法办理了收养登记手续，并取得了收养登记证，那么您与养子之间的收养关系就是合法的，受法律保护。在这种情况下，如果养子符合特困供养的申请条件（即无劳动能力、无生活来源且无法定赡养义务人，或者其法定义务人无履行义务能力），那么他就可以申请特困供养。
然而，如果户口簿上的关系记录与事实收养关系不符，且未依法办理收养登记手续，那么这可能会影响到养子申请特困供养的资格认定。因为在实际操作中，相关部门在审核特困供养申请时，通常会要求提供户口簿、收养登记证等相关证明材料来确认申请人的身份和家庭关系。
因此，我的建议是：
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。