结论概述：关于您在工厂个人垫资后工程亏损能否追偿的问题，这主要取决于您与工厂之间的合同约定、垫资的性质以及相关法律规定。以下我将从不同角度为您详细分析。
合同约定角度：
- 如果您与工厂之间有明确的书面合同，且合同中明确规定了垫资的用途、还款方式、还款期限以及违约责任等条款，那么您有权依据合同约定向工厂追偿垫资。
- 若合同中没有明确约定或约定不明确，您可能需要依据《中华人民共和国民法典》中关于合同的规定，结合实际情况，通过协商、调解或诉讼等方式来维护自己的权益。
垫资性质角度：
- 如果您的垫资被认定为借款性质，即您与工厂之间形成了借贷关系，那么您有权要求工厂按照约定的期限和方式归还借款。若工厂未按时归还，您可以通过法律途径追讨。
- 如果垫资被认定为投资性质，即您是为了获取工程收益而进行的投资，那么工程亏损后，您可能需要承担相应的投资风险，无法直接追偿垫资。但在此情况下，您仍有权根据投资协议或相关法律规定，要求工厂提供工程财务状况、亏损原因等必要信息，以便您评估投资损失并寻求合理补偿。
法律规定角度：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人应当遵循诚实信用原则，按照约定履行自己的义务。如果工厂未按照约定归还您的垫资，您有权要求其承担违约责任。
- 同时，如果工厂存在欺诈、隐瞒等违法行为，导致您垫资后工程亏损，您还可以依据相关法律规定，要求工厂承担赔偿责任。
法律建议：
- 首先，建议您仔细审查与工厂之间的合同或协议，明确垫资的性质、用途、还款方式等关键条款。
- 其次，如果合同中有明确约定且工厂未履行，您可以先尝试与工厂进行协商，寻求和解或达成新的还款协议。
- 如果协商无果，您可以考虑通过调解、仲裁或诉讼等法律途径来维护自己的权益。在此过程中，建议您收集并保存好所有与垫资相关的证据，如合同、转账记录、沟通记录等。
可能后果：
- 如果您能够提供充分的证据证明工厂未按照约定归还垫资或存在违法行为，那么您有可能通过法律途径成功追偿垫资。
- 但如果证据不足或合同约定不明确，您可能需要承担一定的诉讼风险，甚至可能无法完全追偿垫资。
进一步行动建议：
- 如果您对上述分析仍有疑问或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。我可以根据您的具体情况，提供更详细、更专业的法律意见。