面对您在劳动合同已生效但毕业证尚未拿到的情况，这确实是一个需要细致处理的问题。以下是我为您提供的详细建议，希望能帮助您妥善解决这一特殊阶段的问题：

一、主动沟通，说明情况

首先，您应该尽快与用人单位的人力资源部门取得联系，详细说明您毕业证尚未取得的具体原因。这可能是因为学业安排、论文答辩进度或其他特殊困难。通过主动沟通，您可以确保信息的透明，让用人单位了解您的实际情况。

同时，为了增强信任度，您可以向用人单位提交学校出具的相关证明材料，如毕业证明信、成绩单或延期发证申请等。这些材料可以证实您的学历状态和预计毕业时间，有助于用人单位更好地理解您的情况。

二、审查合同，确认效力

接下来，您需要与用人单位共同回顾劳动合同条款，特别是关于学历要求的约定。确保合同内容的合法性、真实性和双方意愿的一致性。如果您对合同条款有任何疑问或担忧，不妨咨询专业律师，以评估毕业证未取得对合同效力的影响，以及可能涉及的法律风险。

三、采取补救措施，加速学业

为了尽快解决毕业证未取得的问题，您应尽最大努力加快学业完成速度。这可能包括参加补考、加快论文修改进度等。通过积极采取补救措施，您可以争取早日获得毕业证书，从而消除用人单位的顾虑。

四、协商灵活安排，缓解不便

在毕业证延迟取得的情况下，您可以与用人单位协商灵活的工作安排。例如，您可以提出实习转正、延期考核或条件性转正等方案。这些灵活安排可以缓解毕业证延迟带来的不便，同时保持您与用人单位的良好合作关系。

五、明确权责，保障权益

为了避免未来可能出现的争议，您应与用人单位在合同中或通过补充协议明确在此特殊情况下的权利与义务。这包括工作表现评估标准、毕业证取得的最终期限及后果等。通过明确权责，您可以确保自己的合法权益得到保障。

六、关注政策动态，适时调整

最后，您应密切关注国家和地方关于毕业生就业、劳动合同及学历认证等方面的最新政策变化。这些政策变化可能会影响您的就业和劳动合同效力。根据政策调整和实际情况，您应适时与用人单位重新协商合同条款，确保双方的利益得到妥善保护。

综上所述，面对劳动合同生效但毕业证尚未取得的情形，关键在于双方的积极沟通与理解，以及依法依规的灵活处理。通过主动说明情况、采取补救措施、协商灵活安排、明确权责和关注政策动态，您可以妥善解决这一问题，并维护自己的合法权益。