结论：项目未竣工时施工单位被清退，延误的工期是否要扣钱，这并非一个简单的“是”或“否”的问题，而是需要根据具体情况，结合合同条款、法律规定以及实际延误原因来综合判断。以下是从不同角度进行的分析：
一、合同条款的约定
工期延误责任条款：首先，需要查看施工合同中是否明确约定了工期延误的责任归属。如果合同中明确规定了因施工单位原因导致工期延误的，发包方有权扣除相应款项或要求赔偿，那么在这种情况下，延误的工期确实可能要扣钱。
清退条款：同时，合同中也可能包含关于施工单位被清退的条款。如果清退是由于施工单位严重违约（如质量不达标、进度严重滞后等）导致的，且合同中明确规定了在此情况下发包方有权扣除延误工期的相关费用，那么发包方有权依据合同进行扣款。
二、法律规定的考量
《民法典》相关规定：根据《民法典》中关于合同履行的规定，如果施工单位因自身原因未能按照合同约定的工期完成施工任务，且该延误给发包方造成了损失，发包方有权要求施工单位承担赔偿责任。这种赔偿责任可能包括直接损失（如额外的租赁费用、管理费用等）和间接损失（如预期收益的减少等）。在工期延误的情况下，扣除相应款项可以视为一种赔偿方式。
公平原则：然而，法律也强调公平原则。如果工期延误并非完全由施工单位造成，或者发包方也存在一定过错（如未及时提供施工条件、变更设计等），那么在这种情况下，单纯扣除延误工期的款项可能并不公平。此时，双方应协商解决，或者通过法律途径确定各自的责任和赔偿金额。
三、实际延误原因的分析
施工单位原因：如果工期延误确实是由于施工单位的管理不善、技术不足或人员不足等原因造成的，那么发包方有权依据合同和法律规定要求施工单位承担责任，包括扣除延误工期的款项。
非施工单位原因：如果工期延误是由于不可抗力（如自然灾害、政策变化等）或发包方的原因（如未及时支付工程款、提供施工条件等）造成的，那么施工单位不应承担全部责任。在这种情况下，发包方扣除延误工期的款项可能缺乏法律依据。
四、建议与措施
审查合同：首先，建议双方仔细审查施工合同中的相关条款，明确工期延误的责任归属和赔偿方式。
协商解决：在发生工期延误的情况下，双方应积极沟通协商，寻求合理的解决方案。如果能够通过协商达成一致意见，可以避免不必要的法律纠纷。
法律途径：如果协商无果，双方可以通过法律途径解决争议。在此过程中，建议双方保留好相关证据（如施工日志、会议纪要、付款凭证等），以便在需要时提供证明。
总结来说，项目未竣工时施工单位被清退，延误的工期是否要扣钱，需要根据合同条款、法律规定以及实际延误原因来综合判断。如果双方对此存在争议，建议积极沟通协商或寻求法律途径解决。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。