发生法律效力的行政赔偿判决，申请执行的期限为二年。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国国家赔偿法》第三十九条的相关规定，虽然该条款主要规定了赔偿请求人请求国家赔偿的时效为两年，但并未直接规定申请执行的期限。然而，在行政赔偿判决生效后，若赔偿义务机关拒不履行赔偿义务，赔偿请求人需要向人民法院申请强制执行。此时，申请执行的期限应依据《中华人民共和国民事诉讼法》（以下简称《民诉法》）的相关规定来确定。根据《民诉法》的相关规定，申请执行的期间为二年。
二、申请执行期限的计算
一般情况：
- 申请执行的期限从法律文书规定履行期间的最后一日起计算。这意味着，如果判决书明确规定了赔偿义务机关应在某个具体日期前履行赔偿义务，那么申请执行的期限就从该日期届满后的次日起算。
分期履行情况：
- 如果法律文书规定分期履行赔偿义务，那么申请执行的期限从规定的每次履行期间的最后一日起计算。例如，如果判决书规定赔偿义务机关应在一年内分四次履行赔偿义务，每次履行间隔三个月，那么每次履行期限届满后，赔偿请求人都可以在该期限届满后的次日起算申请执行的期限。
未规定履行期间情况：
- 如果法律文书未规定履行期间，那么申请执行的期限从法律文书生效之日起计算。这意味着，一旦判决书生效，赔偿请求人就可以在二年内随时向人民法院申请强制执行。
三、申请执行期限的延长与中止
期限延长：
- 在特殊情况下，如赔偿请求人因不可抗力或其他正当理由无法在规定的期限内申请执行，可以向人民法院申请延长申请执行期限。但这一申请需要符合法律规定的条件，并经过人民法院的审查批准。
期限中止：
- 在申请执行期限内，如果因不可抗力或其他障碍导致赔偿请求人无法行使申请执行权，申请执行期限可以中止。从中止时效的原因消除之日起，申请执行期限期间继续计算。
四、实际操作建议
及时申请执行：
- 赔偿请求人应在判决书规定的履行期限届满后，及时向人民法院申请强制执行，以避免因超过申请执行期限而丧失申请执行的权利。
准备相关材料：
- 在申请执行时，赔偿请求人应准备齐全相关的法律文书和证据材料，如判决书、生效证明、赔偿义务机关拒不履行的证据等，以便人民法院能够顺利受理并执行案件。
关注执行进展：
- 在申请执行后，赔偿请求人应关注案件的执行进展情况，及时与人民法院沟通联系，了解执行情况并配合人民法院的执行工作。
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