在企业进入破产清算程序的情况下，劳动者仍然可以申请劳动仲裁，且该权利受到法律保护。 以下从多个角度为你详细分析：
一、法律依据与原理
- 《中华人民共和国企业破产法》：该法并未排除劳动者在破产程序中的仲裁权利。公司进入破产程序并不影响其法人主体资格的存在，在法人注销之前，公司仍需承担相应的法律责任，包括员工工资、经济补偿等。因此，劳动者与公司之间的劳动争议，依然可以通过劳动仲裁解决。
- 《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》：该法明确规定，劳动者与用人单位之间的劳动争议，包括劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿等，均可通过仲裁解决。这一规定同样适用于企业破产清算阶段。
二、劳动者申请仲裁的具体流程
准备阶段：
- 确定被申请人：公司虽破产但仍具有诉讼主体资格，作为劳务仲裁的被申请人。
- 收集证据材料：包括证明劳动关系的证据（如劳动合同、工作证、考勤记录、工资条等）和证明权益受损的证据（如加班审批单、拖欠工资通知、未缴社保记录等）。
- 撰写劳动仲裁申请书：明确仲裁请求（如工资支付、经济补偿、补缴社保等）、事实与理由，并注明具体金额或补偿方式。
- 准备身份证件：提供本人身份证件复印件。
提交申请：
- 选择仲裁机构：向公司注册地或劳动合同履行地的劳动争议仲裁委员会提出申请。
- 提交申请材料：将劳动仲裁申请书、证据材料、身份证件复印件等一并提交给仲裁委员会，并填写相关表格。
- 注意仲裁时效：一般应在一年内提出仲裁申请，自知道或应当知道权益受损之日起计算。
等待受理与开庭：
- 受理审查：仲裁委员会在收到申请后5日内进行审查，符合受理条件的将予以受理并通知申请人；不符合的将书面通知不予受理并说明理由。
- 开庭准备：仲裁庭在开庭5日前书面通知双方当事人开庭时间和地点。
- 开庭审理：双方需陈述事实、举证质证、进行辩论等。申请人应清晰、准确地表达自己的观点和诉求。
调解与裁决：
- 尝试调解：仲裁庭会尝试进行调解，若调解成功则达成调解协议。
- 作出裁决：调解不成时，仲裁庭将进行裁决。裁决结果具有法律效力，双方必须遵守。裁决一般会在受理仲裁申请之日起45日内作出；案情复杂需要延期的，经仲裁委主任批准可以延长，但延长不得超过15日。
执行与后续：
- 执行裁决：尽管公司已破产，员工仍可要求公司以破产财产履行仲裁裁决书中的义务。依据《中华人民共和国企业破产法》，破产财产应优先用于支付职工的工资、社保费用等。
- 起诉或申请执行：若一方不履行仲裁裁决，另一方可向人民法院申请执行；若对仲裁裁决不服，可在收到裁决书之日起15日内向人民法院提起诉讼。
三、特殊情况与处理建议
- 仲裁程序与破产程序的协调：仲裁程序可能受到破产程序的影响，如仲裁裁决的执行需纳入破产财产的整体分配框架中。因此，在申请仲裁前，劳动者应充分了解破产程序的进展和可能的影响，以便做出合理的决策。
- 及时申报债权：劳动者在申请仲裁的同时，也需要在人民法院确定的债权申报期限内向管理人申报债权，以确保其在破产程序中的受偿权益。
- 关注破产财产分配：在破产财产分配过程中，劳动者应关注自己的权益是否得到合理保障。如发现管理人未依法履行职责或破产财产分配存在不当之处，可及时向人民法院提出异议或申请监督。
四、实际案例参考
假设某公司因经营不善进入破产清算程序，员工张某因公司拖欠工资而申请劳动仲裁。在仲裁过程中，张某提供了劳动合同、工资条、考勤记录等证据材料，并明确提出了工资支付和经济补偿的仲裁请求。仲裁庭在受理申请后，依法进行了开庭审理并作出了裁决，要求公司支付张某拖欠的工资和经济补偿。尽管公司已破产，但张某仍可依据仲裁裁决书向管理人申报债权，并在破产财产分配中获得相应份额。
综上所述，在企业进入破产清算程序的情况下，劳动者仍然可以申请劳动仲裁以维护自身权益。在实际操作过程中，劳动者需准备充分证据、明确仲裁请求，并按照法定程序提交申请、等待受理、参与开庭及执行裁决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。