针对“违反公司规定扣款是否合理”的问题，我的结论是：这取决于公司规章制度的合法性、制定程序的合规性、公示或告知的有效性以及扣款行为的合理性等多个因素。 以下是对此问题的详细分析：
合法合理的扣款情况
规章制度内容合法：
- 公司制定的规章制度必须严格遵守《劳动合同法》《工资支付暂行规定》等法律法规，不得有违反强制性规定的内容。例如，规定员工迟到一次扣除当月全部工资是违法的，但规定因故意或重大过失造成经济损失可从工资中扣除相应赔偿（且扣除后工资不低于最低工资标准）则是合法的。
规章制度制定程序合法：
- 根据《劳动合同法》，公司在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，确保民主参与和决策。这是规章制度合法性的重要前提。
规章制度公示或告知劳动者：
- 公司应通过培训、发放员工手册、公告栏张贴等方式，确保劳动者充分知晓并理解相关规章制度。若员工在知晓规定的情况下违规，公司按规定扣款即为合理。
扣款行为合理：
- 即使员工违规，公司扣款的比例也应合理，不得超过《工资支付暂行规定》中规定的上限（即每月扣除部分不超过工资的20%，且扣除后剩余工资不低于当地最低工资标准）。例如，若员工因违规给公司造成了一定损失，公司可以根据实际情况，在合法范围内从其工资中扣除相应赔偿。
不合法不合理的扣款情况
规章制度本身不合法：
- 如规章制度内容违反法律法规，即使经过民主程序和公示，该条款也无效。例如，规定女职工在工作期间不得结婚生育否则扣款，严重侵犯了女职工的合法权益，属于不合法行为。
缺乏有效证据：
- 若公司无法提供确凿证据证明员工违规或违规行为给公司造成了实际损失，随意扣款是不合法的。例如，仅凭同事口头传言就认定员工旷工并扣款，而无考勤记录等有效证据支持，这种扣款行为是不被认可的。
扣款比例过高或未遵循规定：
- 如公司扣款比例超过法定上限或未按照《工资支付暂行规定》执行，扣款行为同样被视为不合法。例如，公司规定员工迟到一次就扣除当月工资的50%，这显然超过了法定上限，是不合法的。
法律建议
- 员工角度：在面对公司扣款时，应首先了解公司规章制度的具体内容，判断其是否合法合理。若认为扣款行为存在不当之处，可及时与公司沟通协商或通过法律途径维护自己的合法权益。
- 公司角度：在制定和执行规章制度时，应确保其内容的合法性和程序的正当性。对于员工的违规行为，应依法采取合适的处罚方式，避免采取违法的罚款措施。同时，公司应加强对员工的培训和教育，提高员工的纪律意识和法律意识，以维护公司的正常秩序和利益。
总结来说，违反公司规定扣款是否合理，需要综合考虑多个因素。若您在此方面遇到任何问题或困惑，欢迎直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。