当专业分包合同被认定无效时，应立即停止合同履行，并采取以下措施妥善处理后续事宜，以确保双方权益得到合理保护，同时避免进一步的法律风险和经济损失：
一、立即停止合同履行
由于无效合同自始没有法律约束力，继续履行将失去意义且可能引发更多纠纷。因此，一旦发现合同无效，双方应立即停止所有与合同相关的履行行为，包括但不限于停止施工、停止支付款项等。
二、请求确认合同无效并处理后续事宜
请求确认合同无效：
- 双方可通过法院或仲裁机构正式确认合同的无效性。这一步骤是后续处理的基础，也是解决纠纷的前提。在请求确认时，应提供充分的证据证明合同无效的原因，如承包人未取得相应资质、建设工程必须进行招标而未招标或中标无效、存在违法分包等行为。
财产返还与折价补偿：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百五十七条的规定，双方应相互返还因合同取得的财产。若不能返还或无需返还，则应折价补偿。例如，若承包人已支付部分工程款项给分包人，分包人需返还该款项；若分包人已完成部分工程施工且承包人已接受，承包人应按该部分工程的实际造价向分包人支付费用。
过错方赔偿损失：
- 有过错的一方需赔偿对方因此遭受的损失；若双方均有过错，则按各自过错程度分担损失。例如，若承包人明知分包人无资质仍进行分包，导致分包人设备闲置、人员窝工等损失，承包人需承担相应赔偿责任。在确定过错程度时，法院或仲裁机构会综合考虑双方的行为、过错程度、因果关系等因素。
参照合同约定支付工程价款（如工程已完工且质量合格）：
- 尽管合同无效，但若分包工程已完成并通过验收，分包人有权要求参照合同约定的工程价款进行折价补偿。这主要依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》的相关规定。参照的条款主要包括工程价款的计价方式、计价标准等，以平衡双方利益。
- 计算公式（如涉及具体金额计算）：工程折价补偿款 = 实际完成工程量 × 合同约定的单价（或根据市场价格确定的合理单价）。若合同中有关于工期、质量等违约责任的约定，且这些约定不违反法律法规的强制性规定，也可在计算折价补偿款时予以考虑。
工程已完工但质量不合格的处理：
- 修复后验收合格：如工程经验收不合格，但实际施工人能够修复并使工程最终验收合格，发包人可以请求实际施工人承担修复费用。修复费用可根据实际修复成本进行计算。
- 修复后仍不合格：若修复后仍不合格，实际施工人无权请求参照合同支付工程折价补偿款，并需自行承担损失。同时，发包人有权要求实际施工人赔偿因工程不合格造成的损失，包括拆除、重建费用及工期延误损失等。这些损失可根据实际发生的费用进行计算。
收缴非法所得（特殊情况）：
- 在特定情况下，法院可能会收缴当事人因违法分包或无资质承接工程而获得的非法所得。但此措施在司法实践中应用相对谨慎，通常只有在当事人通过违法分包等无效行为获得明显不当利益时才会考虑。
三、综合考虑其他相关因素
在处理分包合同无效的问题时，还需综合考虑是否涉及第三方利益、是否存在违法违规行为等因素。例如，若分包合同涉及农民工工资问题，需特别关注农民工的合法权益得到保障；若存在挂靠关系，需根据具体情况判断挂靠双方的责任分担。
四、预防措施与后续建议
为避免无效合同的出现，建议在签订合同时认真审查合同条款，确保合同的合法性和有效性。具体包括：
- 审查承包人和分包人的资质证书、营业执照等文件，确保其具备承接工程的合法资格；
- 审查合同条款是否违反法律法规的强制性规定，如是否涉及违法分包、转包等行为；
- 明确合同中的工期、质量、价款等关键条款，避免模糊不清或存在歧义；
- 在合同中约定争议解决方式，如仲裁或诉讼等，以便在发生纠纷时能够及时解决。
总之，一旦专业分包合同被认定为无效，双方应立即停止合同履行，并通过法院或仲裁机构确认合同无效性。随后，根据相关法律法规的规定处理财产返还、折价补偿、赔偿损失等事宜。同时，应综合考虑其他相关因素，并确保在签订合同时做好充分的预防和审查工作。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。