结论：国营农场2006年与职工签订的50年土地租赁合同，能否办理土地相关权证需分情况讨论，主要取决于土地性质、合同内容及现行法律规定，具体分析如下：

1. 土地性质是核心前提

• 国有农用地：若土地属于国有农用地（如耕地、林地等），根据《民法典》及《土地管理法》，国有农用地使用权可通过承包、租赁等方式流转，但租赁期限需符合法律规定。

  • 期限限制：根据《民法典》第705条，租赁期限不得超过20年；超过20年的，超过部分无效。因此，50年租赁合同中，后30年可能被认定为无效，需重新协商期限或终止合同。
    
  • 办证可能性：若合同期限合法（≤20年），且符合当地国土部门要求（如规划用途、审批手续等），可申请办理国有农用地使用权租赁备案或登记，但通常不颁发独立权证（如房产证），而是以备案或登记证明形式确认使用权。

• 集体建设用地或宅基地：若土地实际为集体所有（如农场内部集体建设用地），则需区分用途：

  • 集体建设用地：需符合《土地管理法》第63条，仅限企业、合作社等经营性用途，且需经集体经济组织同意并报政府批准。职工个人租赁集体建设用地用于非农业建设的，可能因违法而无法办证。
    
  • 宅基地：宅基地使用权仅限本集体经济组织成员享有，职工若非成员，租赁宅基地的合同无效，更无法办证。

2. 合同内容需符合法定要求

• 用途合规性：合同约定的土地用途（如农业种植、养殖）需与土地规划一致。若擅自改变用途（如建房、开矿），可能因违法而无法办证，甚至面临行政处罚。
  
• 审批手续：国有农用地租赁需经农场主管部门或国资部门批准；集体土地需经集体经济组织成员会议表决通过并报政府备案。未履行审批程序的合同，办证申请可能被驳回。

3. 现行政策与历史遗留问题

• 政策变化：2006年签订的合同可能受当时政策影响（如鼓励长期租赁稳定生产），但现行法律已明确期限限制。若合同未到期，可与农场协商修改期限或签订补充协议，确保合法性。
  
• 历史遗留处理：部分地区对历史形成的长期租赁合同，可能通过“补办手续、缩短期限”等方式逐步规范。需咨询当地国土部门了解具体政策。

4. 建议行动步骤

• 核查土地性质：向农场或当地国土部门查询土地权属证明（如《国有土地使用证》或《集体土地所有证》），确认土地性质及规划用途。
  
• 审查合同条款：重点检查租赁期限、用途、审批手续是否合法，必要时委托律师评估合同效力。
  
• 咨询办证流程：携带合同、土地证明等材料，向当地不动产登记中心或国土部门咨询办证要求，确认是否需补办审批或修改合同。
  
• 协商解决：若合同部分无效或无法办证，可与农场协商缩短期限、调整用途或终止合同，避免法律风险。

总结：50年租赁合同因期限超法定期限，后30年可能无效；能否办证需结合土地性质、用途合规性及审批手续综合判断。建议尽快核查合同与土地情况，并咨询当地国土部门或向我进一步提问，以制定合法合规的解决方案。