工程结清证明一般由收款方（即完成工程建设的施工方或承包方）出具，但具体出具方可能因工程合作模式和合同约定而有所不同。以下从不同角度为你详细分析：
一、常规情况下的出具方
在大多数建设工程合同中，施工方或承包方是完成工程建设并收取工程款的一方。当工程款全部结清后，为了证明双方之间的债权债务关系已经消灭，避免后续纠纷，施工方或承包方会出具工程结清证明。这份证明会明确说明工程款的支付情况，包括已支付的金额、支付时间、支付方式等，并确认双方就该工程项目的工程款结算事宜已全部办理完毕，不存在任何未结清的款项及争议。
举例：假设A公司是施工方，B公司是发包方。双方签订了一份建设工程合同，约定A公司负责完成某工程项目的建设，B公司支付工程款。工程完工后，B公司按照合同约定支付了全部工程款。此时，A公司会出具一份工程结清证明，确认B公司已支付全部工程款，双方就该工程项目的工程款结算事宜已全部办理完毕。
二、特殊情况下的出具方
虽然大多数情况下工程结清证明由施工方或承包方出具，但在某些特殊情况下，出具方可能有所不同。例如：
多方合作项目：在多方合作的建设工程项目中，可能涉及多个施工方或承包方。此时，工程结清证明可能需要由所有参与方共同出具，或者由牵头方出具并经其他参与方确认。
合同有特别约定：如果建设工程合同中明确约定了工程结清证明的出具方，那么应按照合同约定执行。例如，合同可能约定由发包方在支付完最后一笔工程款后出具结清证明，或者由双方共同委托第三方机构出具。
举例：在多方合作项目中，C公司是牵头方，D公司和E公司是其他参与方。三方共同承接了一个工程项目，并签订了合作协议。工程完工后，按照协议约定，C公司负责出具工程结清证明，并经D公司和E公司确认。这份证明会明确说明各参与方的工程款分配情况、支付情况以及结算完毕的确认。
三、法律建议
明确合同约定：在签订建设工程合同时，应明确约定工程结清证明的出具方、出具时间、出具内容等事项，以避免后续纠纷。
保留相关证据：在工程款支付过程中，应保留好相关证据，如支付凭证、结算单等，以便在出具工程结清证明时提供有力支持。
谨慎出具证明：作为出具方，在出具工程结清证明前应仔细核对工程款支付情况，确保证明内容的真实性和准确性。一旦出具，将承担相应的法律责任。
如果你在工程结清证明的出具过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。