若双方在法院协商后达成一致意见，通常需通过制作调解书或签署和解协议并申请司法确认的方式来执行，具体如下：
- 制作调解书：在诉讼过程中，如果双方在法院的主持下达成调解协议，法院会根据调解协议的内容制作调解书。调解书经双方当事人签收后，即具有法律效力，与判决书具有同等的执行力。如果一方不履行调解书确定的义务，另一方可以向法院申请强制执行。
- 签署和解协议并申请司法确认：如果双方在诉讼外自行协商达成一致，可以签署和解协议。为了确保和解协议的法律效力和可执行性，双方可以向法院申请司法确认。法院会对和解协议进行审查，如果符合法律规定，会出具确认裁定书。确认裁定书具有强制执行力，如果一方不履行和解协议，另一方可以依据确认裁定书向法院申请强制执行。
在执行过程中，需要注意以下几点：
- 确保协议内容明确具体：无论是调解书还是和解协议，都需要确保内容明确具体，包括双方的权利义务、履行期限、履行方式等，以便在执行过程中有明确的依据。
- 及时申请执行：如果一方不履行协议确定的义务，另一方应及时向法院申请执行，避免超过申请执行期限导致无法执行。
- 配合法院执行工作：在执行过程中，双方应积极配合法院的执行工作，提供必要的协助和配合，以确保执行工作的顺利进行。
如果双方在协商过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我会根据具体情况提供详细的法律建议和指导。