政府收取企业协调费并充入财政收入是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
合法性基础：
- 政府收取费用必须基于明确的法律、法规或规章授权。如果“企业协调费”有明确的法律依据，且该费用被明确规定为应上缴财政的收入，那么这种收取行为是合法的。例如，某些特定行业或领域可能因公共利益需要，由政府通过立法形式设定特定费用，用于特定目的，并纳入财政管理。
费用性质与用途：
- 即便有法律授权，还需考察费用的性质与用途。如果“企业协调费”实际上是一种行政性收费，且该收费用于弥补政府提供特定服务或管理的成本，且收费标准合理、透明，那么这种收费行为也是合法的。然而，如果费用被用于非法定目的，如政府内部开支、补贴特定企业或个人等，则可能构成违法。
程序合规性：
- 政府收取费用必须遵循法定程序，包括收费项目的立项、审批、公示、征收、管理等环节。如果“企业协调费”的收取过程存在程序瑕疵，如未经合法审批、未公示收费标准、未开具合法票据等，则可能构成违法。
企业权益保护：
- 从企业权益保护的角度来看，政府收取费用不得侵犯企业的合法权益。如果“企业协调费”的收取导致企业负担过重，影响其正常经营和发展，或者存在不公平、不合理的收费行为，企业有权依法提出异议，并寻求法律救济。
法律建议：
- 对于企业而言，如果面临政府收取“企业协调费”的情况，首先应核实该费用是否有明确的法律依据，并了解费用的性质与用途。
- 如果认为该费用收取不合法或不合理，企业可以依法向相关部门提出异议，要求解释收费依据和标准。
- 在必要时，企业可以寻求法律帮助，通过行政复议或行政诉讼等途径维护自身合法权益。
可能法律后果：
- 如果政府收取“企业协调费”的行为被认定为违法，政府可能需要退还已收取的费用，并可能面临行政处罚或法律责任。
- 对于企业而言，如果因政府违法收费行为遭受损失，可以依法要求政府赔偿。
综上所述，政府收取企业协调费并充入财政收入是否合法，需根据具体情况判断。如有疑问或需要进一步了解相关法律问题，请直接向我咨询。