结论：在和银行就违约金有争议且案件已在调解阶段时，是否需要先还款取决于调解协议的具体内容以及双方协商的结果，没有绝对的“必须先还款”或“无需先还款”的规定。以下从不同角度进行分析：

调解协议的内容与效力

1. 调解协议的自愿性：调解是基于双方自愿的原则进行的，调解协议的内容也是双方协商一致的结果。因此，如果调解协议中明确规定了还款的时间、方式等，那么双方应当按照协议履行。
2. 调解协议的约束力：一旦调解协议达成并生效，它对双方都具有法律约束力。如果一方不履行调解协议，另一方有权向法院申请强制执行。

还款义务与争议解决

1. 还款义务的独立性：还款义务是借款合同中的基本义务，与违约金的争议是两个相对独立的问题。即使双方在违约金上有争议，这并不影响还款义务的履行（除非调解协议中有特别约定）。
2. 争议解决与还款的协调：在调解过程中，双方可以就还款和违约金的问题进行协商，并尝试达成一个既能解决争议又能保障双方权益的调解协议。如果调解协议中规定了分期还款、减免部分违约金等条款，那么双方应当按照协议执行。

实际操作建议

1. 仔细审查调解协议：在签署调解协议前，务必仔细审查协议内容，特别是关于还款和违约金的部分。确保协议内容明确、具体，且符合自己的利益。
2. 与银行积极沟通：如果对调解协议中的还款条款有疑问或担忧，可以与银行进行积极沟通，寻求更合理的解决方案。
3. 保留相关证据：在调解过程中，保留好与还款和违约金相关的所有证据，如借款合同、还款记录、违约金计算依据等。这些证据在后续可能出现的法律纠纷中将起到重要作用。

可能的法律后果

1. 如果未按调解协议还款：如果一方未按调解协议履行还款义务，另一方有权向法院申请强制执行。法院可能会采取查封、扣押、拍卖等措施来强制执行还款义务。
2. 如果调解协议被撤销或变更：如果调解协议存在重大误解、显失公平等情形，一方有权向法院申请撤销或变更调解协议。但这种情况需要提供充分的证据来支持自己的主张。

总结与建议：在和银行就违约金有争议且案件已在调解阶段时，是否需要先还款取决于调解协议的具体内容以及双方协商的结果。建议仔细审查调解协议、与银行积极沟通，并保留好相关证据。如果有任何疑问或担忧，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。