结论：罚款是否可以从工程款中扣除，需根据罚款性质、合同约定及法律规定综合判断，具体分以下几种情况分析：
若罚款属于合同约定的违约金或赔偿金
若双方在工程合同中明确约定，因承包方违约（如工期延误、质量不达标等）需支付罚款，且该条款不违反法律强制性规定（如违约金过高可请求法院调整），则发包方有权直接从工程款中扣除罚款。
法律依据：根据《民法典》第585条，当事人可约定违约金或损失赔偿额的计算方法，发包方有权按约定扣款。
操作建议：需审查合同条款是否明确罚款性质、计算方式及扣除程序，避免因条款模糊引发争议。
若罚款属于行政处罚（如环保、安监部门罚款）
行政罚款是行政机关对违法行为的处罚，具有人身专属性，原则上不能直接从工程款中扣除。但若合同约定承包方需承担行政处罚导致的损失（如发包方代缴罚款后追偿），则发包方可通过法律途径要求承包方赔偿，而非直接扣款。
法律依据：根据《行政处罚法》第28条，行政罚款需由违法行为人自行承担，不得转嫁他人。
操作建议：发包方应保留行政处罚决定书、缴费凭证等证据，通过诉讼或仲裁主张赔偿。
若罚款缺乏合同或法律依据
若发包方单方面设定罚款（如“管理费”“罚款条款”未写入合同），或罚款金额明显不合理（如超过实际损失的30%），则承包方有权拒绝扣款，并可要求发包方支付全额工程款。
法律依据：根据《民法典》第153条，违反法律、行政法规强制性规定的合同条款无效；第584条，赔偿范围应以实际损失为限。
操作建议：承包方应留存合同、沟通记录等证据，必要时通过法律途径主张权益。
总结：罚款能否从工程款扣除，需结合合同约定、罚款性质及法律规定综合判断。建议双方在合同中明确罚款条款，并在发生争议时保留证据，通过协商、诉讼或仲裁解决。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。