结论前置：转租业务中双方都已开票但没有转租协议，这种做法存在较大的法律风险，不建议这样做。下面从不同角度为你详细分析：

1. 从合同法律关系角度

   • 在民事法律关系中，合同是确定双方权利义务的重要依据。转租协议就如同转租业务的“宪法”，它明确规定了转租方和承租方在转租过程中的各项权利和义务，比如租金支付方式、租赁期限、房屋使用规定、维修责任等。如果没有转租协议，一旦双方在业务过程中产生纠纷，例如对于租金金额、租赁期限等关键问题产生分歧，由于缺乏书面约定，很难确定双方的真实意图和应承担的责任，这会给纠纷的解决带来极大的困难。
   • 虽然双方已经开票，发票主要是作为财务收支的凭证和税务申报的依据，它并不能替代转租协议来明确双方在转租业务中的权利义务关系。例如，发票上可能只体现了租金的大致金额，但对于租金的支付时间、支付方式（是一次性支付还是分期支付）、逾期支付的违约责任等重要内容并没有涉及，而这些内容对于保障双方的合法权益至关重要。

2. 从税务合规角度

   • 从税务机关的监管角度来看，虽然双方已经开票，但缺乏转租协议可能会引起税务机关的质疑。税务机关在审核税务事项时，会要求纳税人提供完整的业务资料以证明其业务的真实性和合法性。转租协议是证明转租业务存在的重要文件之一，如果没有该协议，税务机关可能会认为该开票行为缺乏合理的商业依据，从而怀疑是否存在虚开发票等违法行为。
   • 例如，在某些情况下，税务机关可能会要求纳税人提供转租协议来核实租金的合理性、租赁期限与发票开具时间的一致性等问题。如果无法提供转租协议，纳税人可能需要承担额外的税务风险，如被要求补缴税款、加收滞纳金甚至面临罚款等处罚。

3. 从证据效力角度

   • 在法律诉讼中，证据的充分性和有效性是决定案件胜负的关键因素之一。如果双方发生纠纷并诉诸法律，转租协议是证明双方存在转租法律关系以及各自权利义务的重要证据。而没有转租协议，双方只能依靠其他一些间接证据来证明自己的主张，如聊天记录、付款凭证等。但这些间接证据的证明力相对较弱，很难形成一个完整的证据链来支持自己的观点。
   • 例如，在证明租金金额方面，如果只有发票，对方可能会主张发票金额与实际约定的租金不符；而如果有转租协议，协议中明确约定的租金金额就是最有力的证据，能够直接证明双方的真实意思表示。

建议：为了避免不必要的法律风险和纠纷，在进行转租业务时，双方应当签订详细的转租协议，明确各自的权利义务。如果已经发生了没有转租协议但已开票的情况，建议双方尽快补签转租协议，对之前的业务内容进行确认和规范。如果你在转租业务中遇到了具体的法律问题，欢迎随时向我咨询。