结论前置：公司以请病假为由不给车补，是否合法需分情况判断，若车补属于法定福利或劳动合同明确约定，公司行为违法；若车补属于公司自主福利且无合同约定，公司行为可能合法。以下是具体分析：

1. 车补性质是关键：法定福利还是公司自主福利？

• 若车补属于法定福利（如交通补贴属于工资组成部分）：
  根据《关于工资总额组成的规定》，交通补贴若被明确纳入工资总额（如“交通费”列入工资条），则属于法定劳动报酬。此时公司以病假为由克扣车补，涉嫌违反《劳动合同法》第30条（用人单位应及时足额支付劳动报酬），员工可要求补发，甚至通过劳动仲裁主张权益。
• 若车补属于公司自主福利（如“通勤补贴”为额外福利）：
  若车补未写入劳动合同，也未被纳入工资总额，而是公司自主决定的福利（如“员工满勤可享车补”），则公司有权根据规章制度调整。但需注意：
  
  • 规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论）并公示；
    
  • 不得违反法律强制性规定（如不得因病假歧视员工）。
    若公司制度合法且明确“病假期间停发车补”，则可能不违法。

2. 劳动合同与规章制度是否明确约定？

• 劳动合同有约定：
  若劳动合同中明确约定“车补为固定工资组成部分”或“病假期间车补照发”，则公司必须履行，否则构成违约，员工可依据《劳动合同法》第38条主张权利。
  
• 规章制度有规定：
  若公司通过合法程序制定的规章制度规定“病假停发车补”，且员工已签字确认，则需进一步判断该规定是否合理。例如：
  
  • 若病假期间员工实际未产生通勤需求（如居家办公），停发车补可能合理；
    
  • 若病假期间员工仍需到岗（如定期复诊），则停发车补可能缺乏合理性。

3. 地方性法规是否另有规定？

部分地区对福利发放有特殊规定。例如，某些城市将交通补贴纳入最低工资标准计算范围，此时公司克扣车补可能导致员工工资低于最低标准，违反《最低工资规定》第12条，员工可向劳动监察部门投诉。

行动建议：

1. 核查车补性质：查看工资条、劳动合同或公司制度，确认车补是否属于法定工资组成部分；
   
2. 与公司协商：以书面形式（如邮件）要求公司说明克扣依据，并引用相关法律条款；
   
3. 投诉或仲裁：若协商无果，可向当地劳动监察大队投诉，或申请劳动仲裁主张补发车补及可能的赔偿。

提示：劳动争议案件中，证据是关键。建议保留工资条、劳动合同、病假证明、公司制度文件等材料，以便维权时使用。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。