在打官司过程中，如果原告拿出协议但对方不认可，举证责任一般遵循“谁主张，谁举证”的原则，即由提出主张的一方（通常是原告）承担举证责任。不过，具体举证责任的分配还需根据案件的具体情况和相关法律规定来综合判断。以下从几个角度详细分析：
一、一般原则：谁主张，谁举证
在大多数民事诉讼中，举证责任的基本原则是“谁主张，谁举证”。这意味着，如果原告提出某项主张（例如，双方存在某份协议，且协议内容对被告有约束力），那么原告就需要提供足够的证据来支持其主张。这通常包括提供协议的原件或复印件，以及可能的其他辅助证据（如签订协议时的录音、录像，或者协议履行过程中的相关证据等）。
二、特殊情况下的举证责任转移
虽然“谁主张，谁举证”是基本原则，但在某些特殊情况下，举证责任可能会发生转移。例如：
被告提出反证：如果被告对原告提出的协议提出异议，并提供了初步的反证（如证明协议上的签名是伪造的，或者协议内容被篡改等），那么举证责任可能会部分或全部转移到被告身上，要求被告进一步证明其主张。不过，这并不意味着原告完全摆脱了举证责任，原告仍可能需要提供反驳证据来支持其原始主张。
法律规定的特殊情形：在某些特定类型的案件中，法律可能明确规定了举证责任的分配。例如，在环境污染案件中，可能实行举证责任倒置，即由被告承担证明其行为与损害结果之间不存在因果关系的举证责任。不过，在合同纠纷中，这种情况相对较少见。
三、举证不能的法律后果
如果原告无法提供足够的证据来支持其主张，或者提供的证据不足以证明其主张的事实，那么原告可能会承担举证不能的法律后果。这通常意味着原告的主张不会被法院采纳，甚至可能导致原告败诉。
四、建议与策略
充分准备证据：在提起诉讼前，原告应尽可能收集并整理所有与协议相关的证据，包括协议的原件、复印件、签订过程中的录音录像、协议履行过程中的相关证据等。这些证据应能够形成一个完整的证据链，以支持原告的主张。
考虑申请鉴定：如果被告对协议的真实性提出异议，原告可以考虑申请对协议进行鉴定（如笔迹鉴定、印章鉴定等）。鉴定结果可以作为有力的证据来支持原告的主张。
咨询专业律师：在处理复杂的合同纠纷时，咨询专业律师是非常重要的。律师可以根据案件的具体情况和相关法律规定，为原告提供专业的法律建议和策略指导，帮助原告更好地应对举证责任等问题。
总结来说，在打官司过程中，如果原告拿出协议但对方不认可，举证责任一般由原告承担。不过，具体举证责任的分配还需根据案件的具体情况和相关法律规定来综合判断。因此，在处理此类纠纷时，建议原告充分准备证据，并考虑咨询专业律师以获取更专业的法律建议。如果你有具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。