在面临拆迁办要否定拆迁协议，并打算申请行政复议的情况下，确定正确的复议机关是至关重要的。以下是根据不同情况为您详细解析的复议机关选择指南：
一、根据拆迁相关行政行为的作出主体确定复议机关
若拆迁相关行政行为由县级以上地方人民政府作出：
- 例如，某县人民政府作出了房屋征收决定或否定了拆迁协议，而您对此决定不满。
- 复议机关：应向上一级地方人民政府（如市级人民政府）提出行政复议申请。
若拆迁相关行政行为由政府工作部门作出：
- 情况一：垂直领导的部门：
- 如海关、金融、外汇管理等实行垂直领导的行政机关以及国家安全机关。
- 复议机关：应向上一级主管部门申请行政复议。例如，若当地海关的拆迁行为引发争议，应向该海关的上一级海关申请复议。
- 情况二：非垂直领导的部门：
- 如县级以上地方各级人民政府工作部门（如某市自然资源和规划局、住建局等）。
- 复议机关选择：您既有权向该部门的本级人民政府（如市人民政府）申请行政复议，也有权向上一级主管部门（如省自然资源和规划厅、省住建厅等）申请行政复议。
若拆迁相关行政行为由派出机关或派出机构作出：
- 派出机关：如省、自治区人民政府依法设立的派出机关（如地区行政公署）所属的县级地方人民政府。
- 复议机关：应向该派出机关申请行政复议。例如，若地区行政公署下属的某县级政府作出了拆迁相关行政行为，复议机关即为该地区行政公署。
- 派出机构：如政府工作部门依法设立的派出机构（如某区住建局的派出机构）。
- 复议机关：应向设立该派出机构的部门（如区住建局）或者该部门的本级地方人民政府（如区政府）申请行政复议。
二、申请行政复议时的注意事项
准备充分的证据和材料：
- 在申请行政复议时，务必准备与拆迁行为相关的所有证据和材料，包括但不限于拆迁决定书、房产证、土地证、现场照片、视频、拆迁协议等，以充分支持您的主张。
注意申请期限：
- 申请行政复议时，务必注意期限问题。一般应在自知道该具体行政行为之日起六十日内提出申请，逾期可能会丧失复议权利。
咨询专业法律人士：
- 如果您对复议程序或要求有疑问，或者拆迁情况较为复杂，建议咨询专业的法律人士或律师。他们可以提供更准确的法律建议和指导，帮助您更有效地维护自己的合法权益。
三、特殊情况说明
- 若对国务院部门或省、自治区、直辖市人民政府作出的拆迁相关行政行为不服：
- 您可以直接向作出该行政行为的国务院部门或省、自治区、直辖市人民政府申请行政复议。
- 若对复议决定不服，可进一步向人民法院提起行政诉讼，或向国务院申请裁决（针对省级政府作出的行政行为）。
综上所述，拆迁行政复议的受理部门主要取决于作出拆迁相关行政行为的主体。在申请行政复议时，请务必根据具体情况选择合适的复议途径，并准备充分的证据和材料以支持您的主张。如遇复杂情况，建议及时咨询专业律师以获取更准确的法律建议和指导。