针对您提出的“确定的违法拆迁与申请复议程序违法时市政府会作出怎样处理”这一问题，核心结论取决于违法拆迁及复议程序违法的具体情形，市政府可能采取撤销原行政行为、确认违法并责令补救、直接作出赔偿决定或移送监察/司法机关等处理方式。以下结合不同场景展开分析：
一、若违法拆迁行为已被确认违法，且复议程序也存在违法情形
市政府可能撤销原拆迁决定或复议决定
根据《行政复议法》第七十条，若复议机关在审查中发现原行政行为（如拆迁决定）违法，或复议程序本身存在违反法定程序的情形（如未依法受理、未通知利害关系人参加复议等），市政府作为复议机关或上级机关，有权撤销原行政行为或复议决定，并责令重新作出行政行为。
例如：若拆迁部门未依法公告拆迁方案即实施强拆，复议机关未调查即维持原决定，市政府可撤销复议决定，并要求拆迁部门重新作出合法拆迁决定。
确认违法并责令采取补救措施
若违法拆迁已造成实际损害（如房屋被拆但未补偿），即使复议程序违法，市政府也可能依据《行政复议法》第七十一条，确认原行政行为违法，并责令拆迁部门采取补救措施（如补发补偿款、安置住房等）。
关键点：补救措施需与违法情形造成的损害相当，且需在合理期限内履行。
二、若违法拆迁行为已被确认，但复议程序违法未直接影响实体结果
市政府可能维持原拆迁决定的效力，但纠正程序违法
若复议程序违法（如超期未作出复议决定）但未改变原拆迁决定的合法性，市政府可能通过内部监督程序（如行政监察）责令复议机关纠正程序违法，同时确认原拆迁决定继续有效。
例外情形：若程序违法导致当事人无法充分行使复议权利（如未告知复议权利），市政府可能撤销原决定并要求重新审查。
直接作出赔偿或补偿决定
若违法拆迁已导致当事人财产损失，且复议程序违法导致当事人无法通过复议获得救济，市政府可能依据《国家赔偿法》第四条，直接作出赔偿决定，或责令拆迁部门与当事人协商补偿方案。
注意：赔偿范围仅限于直接损失（如房屋价值、搬迁费用），不包括预期利益损失。
三、若违法拆迁与复议程序违法涉及职务犯罪或严重渎职
移送监察机关或司法机关处理
若违法拆迁背后存在公职人员滥用职权、贪污受贿等行为，或复议程序违法系故意包庇（如篡改证据），市政府可能依据《监察法》第三十九条，将案件移送监察机关调查；若涉嫌犯罪，则移送公安机关立案侦查。
典型案例：某地拆迁部门与开发商勾结，通过伪造文件实施违法拆迁，复议机关未审查即维持，此类案件可能涉及刑事责任。
对相关责任人追责
市政府可能依据《公务员法》《行政机关公务员处分条例》等规定，对直接负责的主管人员和其他责任人员给予警告、记过、降级乃至开除等处分。
行动建议
如需进一步分析具体案件细节（如拆迁主体、违法情形、复议过程等），可直接向我咨询，我会结合证据材料为您制定应对方案。