交通事故中，员工和肇事者的协商，公司能否参与需分情况讨论：

1. 若员工是在执行工作任务时发生交通事故：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第一千一百九十一条：“用人单位的工作人员因执行工作任务造成他人损害的，由用人单位承担侵权责任。用人单位承担侵权责任后，可以向有故意或者重大过失的工作人员追偿。” 这意味着，在此情况下，员工的行为被视为职务行为，其法律后果由公司承担。因此，当员工与肇事者进行协商时，公司作为责任主体，有权且应当参与协商，以维护自身及员工的合法权益。
   • 具体做法：公司可以指派法务人员或委托律师代表公司参与协商，确保协商过程合法合规，协商结果有利于公司利益。同时，公司也应关注员工的身心健康，提供必要的支持和帮助。

2. 若员工是在非工作时间、非执行工作任务时发生交通事故：

   • 在此情况下，员工的行为属于个人行为，与职务无关。因此，员工与肇事者的协商主要由员工个人负责，公司通常没有直接参与协商的法律义务。
   • 特殊情况：然而，如果公司出于人道主义关怀或员工关系管理考虑，愿意为员工提供一定的协助或支持（如提供法律咨询、协助联系保险公司等），这是公司自主决定的事情，并非法律强制要求。

3. 协商过程中的注意事项：

   • 无论公司是否参与协商，都应确保协商过程合法合规，不损害任何一方的合法权益。
   • 如果协商涉及赔偿问题，应明确赔偿范围、标准、支付方式等关键条款，并尽可能形成书面协议，以避免后续纠纷。
   • 如果协商无法达成一致意见，或者协商过程中出现争议、纠纷等情况，应及时寻求法律途径解决，如通过调解、仲裁或诉讼等方式维护自身权益。

建议：在处理此类交通事故协商时，公司应根据具体情况判断是否需要参与协商，并确保协商过程合法合规。如果公司不确定如何处理或需要法律支持，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。