在劳动仲裁中，申请人能否仅列总公司为被申请人，需根据分公司与申请人之间的具体劳动关系及分公司的法律地位来确定。以下从不同情况为您详细分析：

1. 分公司有独立用工权且依法登记

   • 情况说明：若分公司依法设立并领取了营业执照，具备独立的用工主体资格，且实际与申请人建立了劳动关系（如自行招聘、管理考勤、发放工资等），则分公司应作为独立的被申请人参与劳动仲裁。
   • 法律后果：在此情况下，若申请人仅列总公司为被申请人，可能因被申请人主体不适格而被仲裁机构驳回申请或要求更正被申请人。但值得注意的是，即便分公司有独立用工权，申请人仍有权选择将总公司与分公司列为共同被申请人，以更好地保障自身权益，特别是在担心分公司财产不足以承担责任时。

2. 分公司无独立用工权

   • 情况说明：若分公司未依法取得营业执照或登记证书，不具备独立的用工主体资格，则其与申请人之间的劳动关系实际上是由总公司主导或承担的。
   • 法律后果：在此情况下，申请人应直接以总公司为被申请人提起劳动仲裁。若错误地将分公司列为被申请人，仲裁机构可能会要求申请人更正被申请人或直接驳回申请。

3. 特殊情况下的共同被申请人选择

   • 情况说明：即使分公司具备独立用工权，但在某些特殊情况下（如分公司财产可能不足以承担责任、总公司对分公司有直接管控责任等），申请人为了更全面地保障自身权益，也可以选择将分公司与总公司列为共同被申请人。
   • 法律后果：这种选择有助于确保仲裁裁决的有效执行，并在分公司财产不足时，由总公司承担补充责任。但需要注意的是，这种选择应基于合理的判断和充分的证据，以避免不必要的法律纠纷。

操作建议：

• 在提起劳动仲裁前，申请人应仔细审查分公司的法律地位及其与自身的劳动关系，通过查看分公司的营业执照、劳动合同、工资发放记录等证据，来确定正确的被申请人。
• 若对确定被申请人存在疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供准确的解答和指导。

总结：在劳动仲裁中，被申请人的确定是一个关键问题，它直接关系到申请人权益的保护和仲裁裁决的有效执行。因此，申请人在提起劳动仲裁前，应充分了解分公司的法律地位及其与自身的劳动关系，以做出正确的选择。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。