结论：变更劳动主体后只签了变更协议而未签新的劳动合同，其合法性需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从合法与不合法两种情形进行详细分析：
合法情形
协商一致且变更协议内容完备：
- 如果变更劳动主体的协议是双方充分协商一致的结果，并且该协议中明确包含了原劳动合同的主要条款（如工作内容、工作地点、劳动报酬等），或者明确约定了原劳动合同的条款继续有效，只是主体发生了变更，那么这种情形下，即使没有签订全新的劳动合同，也是合法的。
- 示例：某公司因业务调整，将员工从A部门调至B部门，同时B部门作为新的用工主体与员工签订了变更协议，协议中明确约定了原劳动合同的条款继续有效，只是用工主体变更为B部门，这种情形是合法的。
法定情形下的变更：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十四条，当用人单位发生合并、分立等法定情形时，原劳动合同继续有效，由承继其权利和义务的用人单位继续履行。这意味着，在这些法定情形下，劳动合同主体的变更无需劳动者重新签订劳动合同，变更协议或相关通知即可作为合同继续履行的依据。
- 示例：甲公司与乙公司合并为丙公司，甲公司与员工签订的劳动合同自动由丙公司继承，丙公司只需向员工发出变更通知或签订变更协议，明确原劳动合同继续有效，这种情形是合法的。
不合法情形
未经协商一致的变更：
- 如果变更劳动主体的协议未经劳动者同意，是用人单位单方面作出的决定，那么这种变更是不合法的。因为根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，才可以变更劳动合同约定的内容。
- 示例：某公司未经员工同意，直接将员工的劳动关系转移至另一家关联公司，并仅签订了变更协议而未签订新的劳动合同，员工对此毫不知情或不同意，这种情形是不合法的。
变更导致劳动者权益受损且无合理补偿：
- 即使变更协议是双方协商一致的结果，但如果变更导致劳动者的合法权益受到损害（如降低工资待遇、增加工作强度、变更工作地点给劳动者生活造成极大不便等），且用人单位未给予合理补偿，那么这种变更也可能被认定为不合法。
- 示例：公司将员工劳动关系转移到外地的子公司，工作地点发生了很大变化，但未提供任何交通补贴或住宿安排，也未对员工因工作地点变更产生的额外成本进行补偿，员工不同意变更而公司仍强制执行，仅签订变更协议而未签订新的劳动合同，这种情形是不合法的。
建议：
- 对于劳动者而言，在面临劳动主体变更时，应仔细审查变更协议的内容，确保自己的合法权益不受损害。如果变更协议中存在不明确或不利于自己的条款，应及时与用人单位沟通协商，必要时可寻求法律援助。
- 对于用人单位而言，在变更劳动主体时，应确保与劳动者充分协商一致，并签订书面变更协议。同时，应确保变更不会损害劳动者的合法权益，或给予合理的补偿。
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