在民事案件中，若被告在一审时不提交相关证据，而在二审上诉时才提交，法院会根据具体情况进行如下处理：

1. 审查新证据的合法性与关联性：

   • 法院会首先审查被告在二审中提交的新证据是否符合法律规定的证据形式和要求，即证据的合法性。
   • 同时，法院会评估这些新证据与案件事实的关联性，即这些证据是否能够证明或反驳一审中的关键事实或法律问题。

2. 考虑逾期提交证据的理由：

   • 法院会询问被告为何在一审时未提交这些证据，并评估其理由是否充分、合理。
   • 如果被告能够证明其逾期提交证据是由于客观原因（如证据在二审前才获得、一审时未意识到证据的重要性等），且这些证据对案件处理有重大影响，法院可能会考虑接纳这些证据。

3. 对一审判决的影响：

   • 如果二审法院接纳了被告提交的新证据，并且这些证据足以改变一审判决的结果，二审法院可能会撤销原判，发回重审或者依法改判。
   • 如果二审法院认为新证据不足以改变一审判决，或者被告逾期提交证据的理由不充分，二审法院可能会维持原判，并对被告逾期提交证据的行为进行相应的法律制裁，如罚款、训诫等（尽管直接的法律制裁在二审中不常见，但法院会在判决中予以考量）。

4. 对诉讼效率与公平性的考量：

   • 法院在处理此类情况时，还会平衡诉讼效率与公平性。一方面，法院希望尽快解决纠纷，避免诉讼拖延；另一方面，法院也需确保双方当事人的诉讼权利得到平等保护，避免因一方当事人逾期提交证据而导致的不公平结果。

建议：

• 对于被告而言，应尽可能在一审阶段提交所有相关证据，以避免因逾期提交而面临不利后果。
• 如果确实存在客观原因导致无法在一审时提交证据，被告应在二审时及时向法院说明情况，并提交充分、合理的理由以支持其逾期提交证据的行为。
• 对于原告而言，如果被告在二审中提交了新证据，原告应积极应对，评估这些证据对案件的影响，并在必要时向法院提出反驳意见或提交反驳证据。

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