机构负责人变更后，原协议通常仍然有效。这一结论主要基于以下几个方面的法律分析：
合同相对性原则：
- 合同是双方或多方之间设立、变更、终止民事关系的协议，其效力主要及于合同当事人。机构负责人的变更，并不改变机构作为合同一方的法律地位，因此原协议对变更后的机构仍然具有约束力。
法人或组织变更不影响合同效力：
- 根据相关法律法规，法人或组织的变更（包括负责人变更）不影响其之前所签订合同的效力。除非合同中有特别约定，或者法律、行政法规另有规定，否则合同应当继续履行。
协议内容未违反法律强制性规定：
- 如果原协议的内容没有违反法律、行政法规的强制性规定，也没有损害社会公共利益或他人合法权益，那么该协议就是合法有效的，不会因为机构负责人的变更而失效。
然而，也需要注意以下特殊情况：
协议中有特别约定：
- 如果原协议中明确约定了机构负责人变更时协议的处理方式，比如协议自动终止或需要重新协商等，那么应当按照协议中的约定来处理。
法律、行政法规另有规定：
- 在某些特定情况下，法律、行政法规可能对机构负责人变更后协议的效力有特别规定。比如，某些行业可能要求机构负责人变更后需要重新办理相关手续或审批，否则协议可能无效或受到限制。
协议履行受到实质影响：
- 如果机构负责人的变更导致协议的履行受到实质影响，比如原负责人是协议履行的关键人物，其变更后无法继续履行协议，且双方无法就新的履行方式达成一致，那么协议可能面临解除或变更的风险。
建议：
审查协议条款：
- 首先，应当仔细审查原协议的条款，特别是关于机构负责人变更、协议效力、违约责任等方面的约定。
咨询法律专业人士：
- 如果对协议的效力或履行有疑问，建议及时咨询法律专业人士，以便得到更具体、更专业的法律意见。
协商处理：
- 在机构负责人变更后，双方可以积极协商处理协议的相关事宜，包括是否继续履行、如何履行、是否需要变更协议等。
如有任何进一步的问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。