原协议仍然有效。以下从不同角度为你详细分析：
法律背景
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。合同的效力主要取决于合同双方的意思表示是否真实、合法，以及合同内容是否违反法律、行政法规的强制性规定或者公序良俗。在合同签订后，如果合同的一方（如本题中的机构）发生更名，这并不影响合同的效力。因为更名只是合同一方主体名称的变更，并不改变其作为合同当事人的法律地位和权利义务。
具体分析
合同主体的连续性：
- 机构更名后，其法律地位并未发生改变，只是名称上的变更。因此，原协议中的权利和义务仍然由更名后的机构承担和享有。
- 从合同连续性的角度来看，更名并不构成合同的终止或解除，而是合同主体名称的变更，不影响合同的继续履行。
合同内容的稳定性：
- 合同的内容，包括双方的权利义务、履行方式、违约责任等，在更名后仍然保持不变。
- 除非双方协商一致对合同内容进行修改或补充，否则更名不会改变合同原有的条款和约定。
法律后果：
- 如果更名后的机构拒绝履行原协议中的义务，或者对原协议的内容提出异议，这可能构成违约行为。
- 在这种情况下，另一方（如本题中的你）有权依据原协议和法律规定，要求更名后的机构继续履行合同义务，或者承担违约责任。
实际操作建议
确认更名事实：
- 在机构更名后，建议与更名后的机构进行确认，了解更名的具体情况和原因，以确保合同的继续履行不会受到影响。
保留相关证据：
- 保留好原协议的原件或复印件，以及机构更名的相关证明文件（如工商变更登记证明等），以备不时之需。
及时沟通协商：
- 如果在合同履行过程中遇到任何问题或争议，建议及时与更名后的机构进行沟通协商，寻求解决方案。
寻求法律帮助：
- 如果协商无果，或者更名后的机构拒绝履行合同义务，你可以考虑寻求法律帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。
综上所述，与一个机构签了协议后，如果机构更名，原协议仍然有效。在遇到相关问题时，建议保持冷静，及时沟通协商，并寻求必要的法律帮助。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。