公司签署的协议，在更换领导人后依然有效。这一结论主要基于以下几个方面的法律分析：
合同的相对性原则：
- 合同是双方或多方之间设立、变更、终止民事关系的协议。一旦合同成立并生效，它就具有法律约束力，对合同各方均产生法律效力。
- 合同的效力并不依赖于合同签署人的个人身份或职位，而是基于合同本身的条款和条件。因此，即使公司领导人发生变更，原合同依然对变更后的公司具有约束力。
公司法人独立地位：
- 公司作为法人实体，具有独立的法律地位和民事权利能力。公司的行为，包括签署合同，是由公司本身而非其领导人或员工所为。
- 当公司领导人变更时，公司的法人地位并未改变，因此原合同继续有效，新领导人需继承并履行原合同中的义务。
合同变更与解除的法定条件：
- 合同的变更或解除需要满足法定的条件，如双方协商一致、出现法定解除事由等。仅仅因为公司领导人变更，并不构成合同变更或解除的法定理由。
- 如果新领导人希望变更或解除原合同，必须与合同对方进行协商，并达成一致意见，或者依据合同中的约定或法律规定进行。
实际案例与司法实践：
- 在司法实践中，法院通常会认定公司领导人的变更不影响原合同的效力。除非合同中明确约定了领导人变更作为合同变更或解除的条件，或者新领导人能够证明原合同存在无效或可撤销的情形。
法律建议：
- 对于公司而言，在签署合同时应明确约定合同变更、解除的条件和程序，以避免未来因领导人变更而引发的合同纠纷。
- 如果公司确实面临领导人变更的情况，应及时与合同对方进行沟通，说明情况，并确保新领导人了解并继续履行原合同中的义务。
- 如果合同对方对合同效力提出异议，公司应积极应对，通过协商、调解或诉讼等方式解决纠纷，维护自身合法权益。
可能的法律后果：
- 如果公司无视原合同的效力，擅自变更或解除合同，可能面临合同对方的违约责任追究，包括赔偿损失、支付违约金等。
- 在极端情况下，如果公司的行为构成欺诈或恶意违约，还可能面临更严重的法律后果，如被追究刑事责任或受到行政处罚。
综上所述，公司签署的协议在更换领导人后依然有效。公司应尊重合同的法律效力，积极履行合同义务，以维护良好的商业信誉和法律秩序。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。