拆迁协议并非必须与行政机关直接签订，具体需根据拆迁主体和项目性质确定。以下分情况详细说明：

1. 国有土地上房屋征收
   根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第四条，市、县级人民政府负责本行政区域的房屋征收与补偿工作，征收部门（如住建局、征收办）作为具体实施单位与被征收人签订协议。此时协议主体为行政机关或其委托的单位，但需注意：

   • 委托单位需以征收部门名义签订，协议权利义务由行政机关承担；
     
   • 若委托其他主体（如开发商）签订，需有明确授权文件，否则可能因主体不适格导致协议无效。

2. 集体土地征收与拆迁
   依据《土地管理法》第四十七条，集体土地征收需由县级以上地方人民政府组织实施，补偿协议通常由自然资源部门或乡镇政府与被拆迁人签订。但实践中存在两种特殊情形：

   • 协议拆迁：若项目未履行法定征收程序（如未取得征地批文），而是通过协商方式拆迁，协议主体可能为村委会、开发商或第三方公司。此类协议可能因违反强制性规定被认定无效；
     
   • 授权委托：行政机关可委托其他单位签订协议，但需符合《行政诉讼法》第二十六条关于行政委托的规定，否则可能引发诉讼主体资格争议。

3. 开发商主导的拆迁项目
   在商业开发项目中（如旧城改造），若开发商已通过合法程序取得土地使用权（如通过招拍挂出让），其可作为民事主体与被拆迁人签订民事补偿协议。但需满足以下条件：

   • 项目已取得规划许可、施工许可等法定手续；
     
   • 拆迁行为符合《民法典》关于合同效力的规定（如双方自愿、内容合法）；
     
   • 不得以断水断电等非法手段逼迁，否则可能构成侵权。

风险提示与建议：

• 签订前务必核实协议主体资格，要求对方出示授权文件或政府批文；
  
• 若对主体身份存疑，可要求其加盖公章并留存复印件；
  
• 发现协议主体不适格时，应及时通过行政复议或诉讼主张权利；
  
• 涉及集体土地拆迁时，优先选择与行政机关签订协议，以降低法律风险。
  

如有具体案例或协议文本需要审查，可直接向我提供详细信息进一步分析。