行政机关与公司签订的拆迁协议，在符合法定条件的情况下是有效的。以下从多个角度对此问题进行详细分析：

一、协议主体资格

1. 行政机关：作为拆迁协议的一方，行政机关必须具备相应的拆迁权限和法定职责。这通常要求行政机关在签订协议前已经获得了相关的拆迁许可或授权，并且其拆迁行为必须符合城市规划、土地利用等法律法规的规定。
2. 公司：作为另一方，公司必须是依法设立并合法存续的法人或其他组织，具有签订拆迁协议的民事行为能力。同时，公司必须对被拆迁的房屋或土地拥有合法的产权或使用权。

二、协议内容合法性

1. 拆迁目的合法：拆迁协议的目的必须符合法律法规的规定，如为了公共利益的需要进行城市更新、基础设施建设等。如果拆迁目的违法，如为了商业开发而非法占用土地，则拆迁协议可能因目的违法而无效。
2. 补偿条款合理：拆迁协议中必须包含合理的补偿条款，确保被拆迁方（公司）在拆迁后能够得到相应的经济补偿。补偿标准应参照当地政府制定的拆迁补偿标准，并考虑被拆迁房屋或土地的实际价值、市场情况等因素。如果补偿条款显失公平或存在欺诈、胁迫等情形，被拆迁方有权请求法院或仲裁机构变更或撤销协议。

三、协议签订程序

1. 协商一致：拆迁协议的签订必须基于双方自愿、平等、协商一致的原则。任何一方不得强迫或胁迫对方签订协议，否则协议可能因违反自愿原则而无效。
2. 合法程序：行政机关在签订拆迁协议前，应依法履行相关的程序，如发布拆迁公告、进行拆迁评估、与被拆迁方进行协商等。如果行政机关未履行法定程序或程序违法，可能导致拆迁协议无效或被撤销。

四、法律后果

1. 有效协议：如果拆迁协议符合上述条件，即主体资格合法、内容合法、签订程序合法，则该协议具有法律效力，双方应按照协议约定履行各自的义务。
2. 无效或可撤销协议：如果拆迁协议存在主体资格不合法、内容违法、签订程序违法等情形，则该协议可能无效或被撤销。此时，双方应恢复原状或根据实际情况进行赔偿。

五、建议

1. 审查协议：在签订拆迁协议前，公司应仔细审查协议内容，确保协议符合法律法规的规定，并咨询专业律师的意见。
2. 保留证据：公司应保留与拆迁相关的所有证据，如房屋产权证、土地使用权证、拆迁公告、评估报告等，以便在发生纠纷时维护自己的合法权益。
3. 及时维权：如果公司认为拆迁协议存在违法情形或自己的合法权益受到侵害，应及时向法院或仲裁机构提起诉讼或申请仲裁，以维护自己的合法权益。

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