结论：在公司由代表人签合同的情况下，起诉时能否分第一被告人和第二被告人，这主要取决于具体的案情和法律关系，但一般来说是可以的。以下从不同角度进行分析：
合同相对性原则：
- 根据合同法的相关规定，合同具有相对性，即合同主要约束合同双方当事人。在公司由代表人签合同的情况下，代表人代表公司签订合同，其法律后果应由公司承担。因此，如果合同履行过程中出现纠纷，公司通常是合同纠纷的直接被告。
- 如果代表人在签订合同时存在超越权限、欺诈等行为，且这些行为被第三方所知悉或应当知悉，那么代表人个人也可能成为被告，承担相应的法律责任。在这种情况下，公司作为合同的一方和代表人作为个人行为的一方，可以分别作为第一被告人和第二被告人。
共同侵权或连带责任：
- 如果代表人的行为构成共同侵权或需要承担连带责任，那么在起诉时，可以将公司和代表人列为共同被告。在这种情况下，根据他们在侵权或连带责任中的地位和作用，可以分别确定为第一被告人和第二被告人。例如，如果代表人以公司名义与第三方签订合同，但实际是为了个人利益，且公司对此不知情或未受益，那么代表人可能构成欺诈，需要与公司共同承担责任。
诉讼策略和实际需要：
- 在起诉时，原告可以根据诉讼策略和实际需要，选择将公司或代表人列为第一被告人或第二被告人。这通常取决于原告希望首先追究谁的责任，以及谁更有可能承担法律责任。例如，如果原告认为公司更有能力承担赔偿责任，那么可能会选择将公司列为第一被告人；如果原告认为代表人的行为是纠纷的主要原因，那么可能会选择将代表人列为第一被告人。
法律建议：
- 在起诉前，建议原告仔细审查合同内容、签订过程以及代表人的行为，以确定谁应该承担法律责任。
- 如果涉及共同侵权或连带责任，建议咨询专业律师，以确定最佳的诉讼策略和被告顺序。
- 在起诉时，应提供充分的证据来支持自己的主张，包括合同文本、签订过程的证据、代表人行为的证据等。
可能的法律后果：
- 如果原告错误地选择了被告顺序或遗漏了必要的被告，可能会导致诉讼失败或无法获得充分的赔偿。
- 如果代表人的行为构成犯罪，那么除了民事责任外，还可能面临刑事责任。在这种情况下，原告可以考虑向公安机关报案，以追究代表人的刑事责任。
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