关于停工留薪期是单独申请还是与劳动能力鉴定同时申请的问题，这实际上取决于具体的地区规定以及工伤职工的实际情况。以下是对此问题的详细解答：
一、停工留薪期的确定与申请
停工留薪期是指职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的期限。其确定通常基于工伤职工的伤情、病情以及已签订服务协议的治疗工伤的医疗机构出具的诊断证明或建议书。
初步判断：在工伤发生后，医疗机构会根据职工的伤情给出初步的治疗建议和停工留薪期的预估。
异议处理：如果工伤职工或用人单位对医疗机构提出的停工留薪期有异议，他们可以向设区的市级劳动能力鉴定委员会提出确认申请。这一步骤是单独进行的，并不与劳动能力鉴定直接挂钩。
二、劳动能力鉴定的申请与停工留薪期的关系
劳动能力鉴定是劳动者在受伤或生病后，由劳动鉴定机构依据国家鉴定标准和相关规定，通过科学技术手段确定其伤残程度，并进行等级评定的过程。
申请时机：劳动能力鉴定通常在工伤职工的伤情相对稳定后进行，以便准确评估其伤残程度。这并不意味着停工留薪期必须结束才能申请劳动能力鉴定。
与停工留薪期的独立性：申请劳动能力鉴定并不直接导致停工留薪期的结束。两者在法律上是相对独立但又有所关联的程序。停工留薪期的结束通常与职工的伤情恢复情况和治疗进展相关，而非直接由劳动能力鉴定的申请或完成决定。
三、具体操作中的差异
明确可单独鉴定的地区：如河北省等部分地区，通过制定专门的管理办法，明确规定工伤职工或用人单位对停工留薪期有异议时，可向劳动能力鉴定委员会提出确认申请，实现类似单独鉴定的效果。
未明确但实际操作中可确认的地区：在其他未明确单独鉴定规定的地区，若工伤职工与用人单位就停工留薪期无法达成一致，通常也可向劳动能力鉴定委员会提出申请，依据相关标准和实际情况进行判断和确认。
四、建议与注意事项
及时咨询：由于各地规定和实践存在差异，建议工伤职工及时咨询当地劳动能力鉴定委员会或专业法律人士，以获取准确指导。
保留证据：在整个过程中，保留好所有相关证据和材料，如工伤认定决定书、医疗机构诊断证明、病历等，以便在需要时进行申诉或复议。
了解流程：熟悉停工留薪期确定和劳动能力鉴定的具体流程，确保自己的权益得到有效保障。
综上所述，停工留薪期的确定并非必须与劳动能力鉴定同时进行，而是可以根据具体情况及当地规定，通过特定程序进行单独确认或鉴定。在处理相关问题时，应充分考虑法律法规、地方政策及实际操作流程。