生病治疗期扣工资是否合法，主要取决于单位是否按照法律法规的规定支付了病假工资，且扣减后的工资不得低于当地最低工资标准的80%。以下从不同角度为您详细分析：
一、法定医疗期内的工资支付
法律依据：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，企业员工因患病或非因工负伤需要停止工作接受医疗的，根据工作年限可享受3个月至24个月的医疗期。在此期间，用人单位有义务支付病假工资。
支付标准：
- 依据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第59条，病假工资或疾病救济费应不低于当地最低工资标准的80%。同时，也有观点认为，用人单位应当按照不低于本人标准工资的60%支付疾病津贴，但这一标准可能因地方政策或企业规定而有所提高。在实际操作中，应遵循就高不就低的原则，确保员工权益得到充分保障。
二、超出法定医疗期的工资处理
单位规章与劳动合同：
- 若员工生病住院时间超出了法定医疗期，单位可以依据自身的规章制度和与员工签订的劳动合同来处理工资问题。例如，有的单位可能规定超出医疗期后按事假处理，事假期间不支付工资，但这必须在劳动合同或规章制度中有明确约定，并且不违反法律法规的规定。
特殊情况延长医疗期：
- 对于患有特殊疾病（如癌症、精神病、瘫痪等）的员工，经劳动鉴定委员会确认后，其医疗期可以适当延长。在延长的医疗期内，单位同样不能随意扣减员工的工资。
三、工伤医疗期的特殊规定
- 对于因工负伤的员工，根据《工伤保险条例》，在停工留薪期内（一般不超过12个月，特殊情况下可适当延长至24个月），原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。在此期间，用人单位扣工资是违法的。
四、单位扣减工资的合法性判断
合法性与合理性：
- 单位在制定病假工资扣减标准时，必须确保该标准既合法又合理。即扣减标准应基于法律法规的规定，并考虑到员工的实际情况和单位的经营状况。如果单位随意设定扣工资标准，或者扣除比例过高且无合理解释，那么这种扣减行为就是不合理的。
员工权益保护：
- 员工如遇到不合理的病假扣工资情况，首先应与单位进行协商解决。协商不成时，可以向劳动监察部门投诉或通过劳动仲裁等方式维护自身权益。具体操作包括收集相关证据（如医疗证明、工资单等）、向有关部门反映情况等。
五、维权途径与建议
证据收集：
- 劳动者应妥善保存劳动合同、病假证明、工资条或银行流水等记录，作为维权时的关键证据。
协商与投诉：
- 首先尝试与用人单位进行沟通协商，要求纠正不合法的扣款行为。若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，请求介入调查并处理。
劳动仲裁与诉讼：
- 如劳动监察部门未能解决问题，劳动者可依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，还可以在规定时间内向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
总结来说，生病治疗期扣工资是否合法，关键在于单位是否依法制定了病假工资扣减标准并严格执行，且扣减后的工资不得低于当地最低工资标准的80%。员工应了解自己的合法权益，并在必要时采取适当的法律措施来维护自己的利益。如果您有进一步的疑问或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。