结论前置：工作日延长工作时间（即加班）是可以通过制度来明确进行调休补偿的，但具体实施需遵循相关法律法规的规定，并确保制度的合法性与合理性。

1. 法律法规依据：

• 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。对于延长的工作时间，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬，但同时也提到了“休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬”。这里的“不能安排补休”暗示了，在可能的情况下，用人单位是可以安排补休（即调休）来替代支付加班费的。
• 实际操作中，许多用人单位会通过内部规章制度或劳动合同来明确加班调休的具体安排，这是被法律所允许的，只要这些制度或合同不违反法律法规的强制性规定。

2. 制度合法性与合理性：

• 合法性：用人单位制定的加班调休制度必须符合国家法律法规的规定，不能侵犯劳动者的合法权益。例如，不能规定“加班一律不予调休，只支付加班费”这样的条款，因为这剥夺了劳动者选择调休的权利（在可能的情况下）。
• 合理性：制度应当合理，考虑到劳动者的实际需求和用人单位的生产经营需要。例如，可以规定加班后一定期限内（如一个月内）必须安排调休，或者根据加班时长给予相应的调休时间等。

3. 实际操作建议：

• 明确制度：用人单位应当制定明确的加班调休制度，并在劳动合同或员工手册中予以明确，以便劳动者知晓并遵守。
• 协商一致：在安排加班和调休时，用人单位应当与劳动者进行充分协商，确保劳动者的意愿得到尊重。
• 记录留存：用人单位应当做好加班和调休的记录工作，以便在发生争议时提供证据。

4. 可能的法律后果：

• 如果用人单位未按照法律法规或内部制度的规定安排调休或支付加班费，劳动者有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求用人单位承担相应的法律责任。
• 在极端情况下，如果用人单位的违法行为严重损害了劳动者的权益，还可能面临行政处罚或刑事责任。

总结与建议：工作日延长工作时间是可以通过制度来明确进行调休补偿的，但用人单位必须确保制度的合法性与合理性，并在实际操作中与劳动者进行充分协商和记录留存。如果你在加班调休方面遇到了具体问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。