建议直接、诚恳地与老板沟通，说明休假超休的情况，并主动提出退还多发工资或抵扣后续工资，以体现诚信和责任感。具体可以从以下几个角度考虑：

1. 诚信原则
   休假超休属于个人责任，即使老板未及时发现并扣款，从法律和道德层面，员工均有义务如实告知。主动沟通可避免后续因工资核算问题产生纠纷，也能维护与雇主的信任关系。

2. 沟通方式建议

   • 当面沟通：选择合适时机（如老板不忙时），礼貌说明情况：“XX总，关于上个月的工资，我发现休假超休了X天，但工资多发了XXX元。可能是核算疏忽，我想和您确认下如何处理。”
     
   • 书面沟通：若不便当面说明，可通过邮件或微信简要陈述事实，并附上超休天数及多发金额的计算依据，体现严谨性。

3. 处理方案选择

   • 退还现金/转账：若金额较小且老板同意，可直接退还多发部分。
     
   • 抵扣后续工资：若老板认为无需立即退还，可提议在次月工资中抵扣，并保留书面记录（如邮件确认）。
     
   • 公司制度参考：若公司有明确规定（如《员工手册》中关于超休的处理条款），可引用制度内容与老板协商，确保处理方式合规。

4. 法律风险提示
   根据《工资支付暂行规定》，用人单位有权按实际出勤情况核算工资。若员工隐瞒超休事实，可能被认定为“不当得利”，老板后续有权要求返还；若金额较大或存在恶意隐瞒，甚至可能涉及劳动纪律处分。主动沟通可规避此类风险。

示例回复模板：
“XX总，您好！关于上个月的工资，我核对后发现休假超休了X天，但工资多发了XXX元。可能是核算时未扣除超休部分，我想和您确认下如何处理更合适？如果需要退还，我可以通过XX方式操作；如果抵扣次月工资，也请您告知一声。给您添麻烦了，谢谢！”

总结：诚实沟通是职场基本素养，既能维护个人信誉，也能避免潜在法律风险。若对工资核算或公司制度有疑问，可进一步向我咨询具体细节。