结论：未在公司规定时间抽烟被罚两百块是否违法，需分情况讨论，若公司规章制度未经民主程序制定、未公示或罚款规定不合理，则公司罚款行为违法；若规章制度合法有效且罚款规定合理，则罚款行为可能不违法，但需注意罚款上限。以下为详细分析：
一、公司规章制度需合法有效
民主程序制定：
- 根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 若公司关于抽烟时间的罚款规定未经此民主程序制定，则该规定可能因程序违法而无效。
公示或告知劳动者：
- 同样依据《劳动合同法》第四条，用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
- 若公司未将罚款规定公示或告知劳动者，劳动者有权主张该规定对其不产生约束力。
二、罚款规定需合理
罚款的合法性：
- 劳动法领域，用人单位对劳动者进行罚款的法律依据并不明确，且实践中多认为用人单位无权对劳动者进行罚款，除非该罚款规定符合法律法规的强制性规定或双方在劳动合同中有明确约定。
- 若公司规章制度中的罚款规定缺乏法律依据或劳动合同中的相关约定，则该罚款规定可能因内容违法而无效。
罚款的合理性：
- 即使公司规章制度经过民主程序制定并公示，且劳动合同中有相关约定，罚款规定也需合理。
- 合理性判断通常考虑罚款数额是否与违纪行为的性质、情节及危害程度相适应，是否超过劳动者承受能力等。
- 在本题中，若公司因劳动者未在规定时间抽烟而罚款两百块，需评估该罚款数额是否合理。若罚款数额过高，可能被视为不合理。
三、罚款上限的限制
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 虽然此规定直接针对的是因劳动者原因给用人单位造成经济损失的赔偿，但可类比推理，用人单位对劳动者的罚款也应受到一定限制，不应超过劳动者当月工资的合理比例。
四、建议与行动
核查公司规章制度：
- 劳动者应首先核查公司关于抽烟时间的罚款规定是否经过民主程序制定、是否公示或告知劳动者、是否合理等。
与公司协商：
- 若认为罚款规定违法或不合理，劳动者可与公司协商，要求撤销罚款或调整罚款数额。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 若协商无果，劳动者可向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，对仲裁结果不服的，还可向法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
总结：未在公司规定时间抽烟被罚两百块是否违法，需综合考虑公司规章制度的合法性、合理性以及罚款上限的限制。若公司规章制度违法或不合理，或罚款数额超过合理范围，劳动者有权主张罚款行为违法并寻求法律救济。如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。