员工三年合同期满不再续签的补偿问题，需分情况讨论：

1. 用人单位不续签
   根据《劳动合同法》第四十六条、第四十七条，用人单位主动不续签劳动合同的，需向员工支付经济补偿。补偿标准为：每工作满1年支付1个月工资，6个月以上不满1年的按1年计算，不满6个月的支付半个月工资。
   例如：员工工作3年，补偿金为3个月工资；若工作3年零5个月，补偿金仍为3个月工资；若工作3年零7个月，补偿金为4个月工资。
   注：月工资指劳动合同终止前12个月的平均工资，包括基本工资、奖金、津贴等货币性收入，但需以当地社平工资3倍为上限（超过部分不计入）。

2. 员工主动不续签
   若员工因个人原因（如跳槽、退休等）主动提出不续签，且用人单位维持或提高原劳动合同条件（如薪资、岗位等），则无需支付经济补偿。
   例外情形：若用人单位降低原劳动合同条件（如降薪、调岗），员工因此拒绝续签的，用人单位仍需支付经济补偿，标准同上。

3. 特殊情形：违法终止合同
   若用人单位未提前30日书面通知终止合同，或存在其他违法情形（如以暴力、威胁强迫员工离职），员工可主张赔偿金（经济补偿的2倍）。例如：工作3年应得3个月补偿，违法终止需支付6个月工资作为赔偿。

操作建议：

• 用人单位应保留书面续签通知及员工回复记录，避免纠纷；
  
• 员工若对补偿有异议，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁；
  
• 补偿金需在劳动合同终止时一次性结清，并依法代扣代缴个人所得税。

如有具体案例细节（如工资结构、终止原因等），可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您详细分析。