若行政案件立案后才发现已过追溯期，案件通常会被依法驳回，但具体处理方式需结合案件实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：

法律层面

1. 追溯期的法律规定 行政诉讼的起诉期限是法定的起诉条件之一，超过起诉期限将丧失诉权。根据《中华人民共和国行政诉讼法》第四十六条规定，公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。法律另有规定的除外。因不动产提起诉讼的案件自行政行为作出之日起超过二十年，其他案件自行政行为作出之日起超过五年提起诉讼的，人民法院不予受理。

如果立案后发现已经超过上述起诉期限，法院会依法裁定驳回起诉。这是因为起诉期限是程序性规定，旨在督促当事人及时行使权利，维护行政法律关系的稳定。

1. 特殊情况下的处理
   • 不可抗力或其他正当理由：如果当事人因不可抗力或者其他不属于其自身的原因耽误起诉期限的，被耽误的时间不计算在起诉期限内。例如，当事人因突发重大疾病、自然灾害等不可抗力因素无法及时起诉，且在障碍消除后十日内申请延长期限，法院可能会根据具体情况决定是否准许。
   • 新证据或新情况出现：若在立案后出现了新的证据或情况，能够证明当事人之前未及时起诉存在合理理由，且该新证据或情况对案件的审理有重大影响，法院也可能会对案件进行实质审理。不过，这种情况的认定较为严格，需要当事人提供充分的证据予以支持。

实务操作层面

1. 与法院沟通 如果发现案件可能已过追溯期，当事人或其代理人应及时与法院沟通，向法院说明情况，并提供相关证据证明存在耽误起诉期限的合理事由。法院会根据具体情况进行审查，并作出相应的裁定。
2. 考虑其他救济途径
   • 行政复议：如果行政行为作出后，当事人未及时提起行政诉讼，但认为行政行为侵犯其合法权益，且在法定的行政复议申请期限内（一般为自知道该行政行为之日起六十日内），可以考虑向有管辖权的行政复议机关申请行政复议。不过，行政复议也有其自身的申请期限和条件限制。
   • 申诉或信访：在某些特殊情况下，当事人可以通过申诉或信访的方式向相关部门反映情况，寻求解决问题的途径。但需要注意的是，申诉和信访并不属于法定的救济程序，其效果和结果具有不确定性。

预防措施层面

1. 及时行使权利 当事人应在知道或应当知道行政行为作出之日起，及时了解自己的权利和义务，并在法定的起诉期限内提起行政诉讼，以避免因超过起诉期限而丧失诉权。
2. 咨询专业律师 在涉及行政法律事务时，当事人应及时咨询专业律师，了解相关法律规定和程序要求，制定合理的诉讼策略，确保自己的合法权益得到有效维护。

行政案件立案后发现已过追溯期是一个比较复杂的问题，需要根据具体情况进行综合分析和判断。如果你有具体的案件情况或疑问，可以直接向我咨询，我会为你提供更详细的解答和建议。