政府只征收农用地而未同时征收宅基地是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
征收目的与规划的合理性
- 合法情形：若政府征收农用地是为了公共利益的需要，如建设学校、医院、道路等基础设施，且该征收行为符合土地利用总体规划和城乡规划，同时未征收宅基地是因为宅基地不在此次征收范围内或征收宅基地并非实现公共利益所必需，那么这种征收行为可能是合法的。例如，政府计划在某村建设一条公路，公路路线仅经过农用地，不涉及宅基地，此时政府只征收农用地而未征收宅基地是合理的。
- 违法情形：若政府征收农用地的目的并非为了公共利益，或者征收行为不符合土地利用总体规划和城乡规划，或者虽然符合规划但征收宅基地也是实现公共利益所必需的，而政府却未征收宅基地，那么这种征收行为可能是违法的。
征收程序的合法性
- 合法程序：政府征收土地必须遵循法定程序，包括发布征收公告、进行土地现状调查、组织听证、签订征收补偿协议等。如果政府在征收农用地时严格遵守了这些程序，且未征收宅基地是因为宅基地的使用权人不同意征收或双方未就补偿事宜达成一致，而政府并未采取非法手段强迫征收，那么这种征收行为在程序上可能是合法的。
- 违法程序：如果政府在征收农用地时未遵循法定程序，如未发布征收公告、未进行土地现状调查、未组织听证等，或者虽然遵循了程序但存在其他违法行为，如强迫征收、低价补偿等，那么这种征收行为在程序上是违法的，无论是否征收宅基地。
宅基地使用权的保护
- 宅基地使用权受法律保护：宅基地使用权是农民的重要财产权之一，受法律保护。政府在征收土地时，必须尊重和保护宅基地使用权人的合法权益。如果政府未征收宅基地但影响了宅基地的正常使用（如因征收农用地导致宅基地无法排水、通行等），那么政府可能需要承担相应的法律责任。
- 补偿与安置：如果政府因公共利益需要确实需要征收宅基地，那么必须按照法定标准对宅基地使用权人进行补偿和安置。如果政府未征收宅基地但宅基地使用权人因征收行为受到了损失，宅基地使用权人也有权要求政府进行补偿。
法律建议：
- 如果您认为政府征收农用地的行为违法或侵犯了您的合法权益（包括宅基地使用权），您可以先与政府进行协商，要求政府说明征收的合法性和合理性，并寻求合理的补偿和安置方案。
- 如果协商无果，您可以向当地土地管理部门或相关政府部门投诉，要求其介入调查并处理。
- 如果投诉仍未解决问题，您可以考虑通过法律途径维护自己的权益，如提起行政诉讼或申请行政复议等。
可能后果：
- 如果政府征收行为合法且未侵犯您的合法权益，那么您可能需要接受征收事实并配合政府的工作。
- 如果政府征收行为违法或侵犯了您的合法权益，那么您有权要求政府停止违法行为、恢复原状或进行赔偿等。在极端情况下，如果政府的行为严重侵犯了您的权益且拒不改正，您甚至可以通过法律途径要求撤销或变更相关征收决定。