仅持有征用土地合同，并不意味着使用土地一定合法，土地使用的合法性取决于多个因素。以下是对此问题的详细分析：
一、征用土地合同的法律效力
征用土地合同是政府或相关机构与土地使用者之间就土地征用事宜达成的协议。该合同本身具有一定的法律效力，但它并不是决定土地使用合法性的唯一因素。合同的签订必须遵循相关法律法规，且合同内容必须合法、合规，才能确保其法律效力。
二、土地使用合法性的判断标准
符合土地利用总体规划：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，使用土地必须严格按照土地利用总体规划确定的用途使用土地。如果征用土地合同中的用途与土地利用总体规划不符，那么该土地使用行为可能被视为违法。
取得合法的土地使用权：
- 土地使用者必须通过合法途径取得土地使用权，如通过出让、转让、划拨等方式。仅凭征用土地合同，并不能直接证明土地使用者已经取得了合法的土地使用权。土地使用者还需要办理相关的土地使用权登记手续，取得土地使用权证书，才能确保土地使用的合法性。
遵守相关法律法规：
- 土地使用者在使用土地过程中，必须遵守相关法律法规，如环境保护法、城乡规划法等。如果土地使用行为违反了这些法律法规，那么即使持有征用土地合同，也可能被视为违法。
三、可能存在的法律风险
合同无效风险：
- 如果征用土地合同存在违法、违规内容，或者签订程序不合法，那么该合同可能被视为无效合同。一旦合同被认定为无效，土地使用者将面临土地使用行为被认定为违法的风险。
行政处罚风险：
- 如果土地使用行为违反了相关法律法规，土地使用者可能面临行政处罚，如罚款、没收违法所得、责令恢复原状等。这些处罚将给土地使用者带来经济损失和声誉损害。
民事赔偿风险：
- 如果土地使用行为给第三方造成了损害，土地使用者可能需要承担民事赔偿责任。例如，如果土地使用行为导致了环境污染或生态破坏，土地使用者可能需要赔偿受害者的损失。
四、建议与措施
审查合同内容：
- 在签订征用土地合同前，应仔细审查合同内容，确保合同内容合法、合规，且符合土地利用总体规划。
办理土地使用权登记：
- 签订征用土地合同后，应及时办理土地使用权登记手续，取得土地使用权证书，以确保土地使用的合法性。
遵守相关法律法规：
- 在使用土地过程中，应严格遵守相关法律法规，确保土地使用行为合法、合规。
寻求法律帮助：
- 如果对土地使用的合法性存在疑问或担忧，建议寻求专业律师的法律帮助，以确保自身权益得到保障。
如有任何关于征用土地或土地使用合法性的疑问，可以直接向我咨询。