核心结论：关于您提到的“扣的钱如何处理”，需分情况讨论，具体如下：

1. 若“扣的钱”属于保证金且已退回
   根据《刑事诉讼法》第73条，取保候审的保证金应在取保候审结束时（如解除取保、判决生效等）由执行机关（通常是公安机关）退还。若您已收到保证金退回，说明公安机关已履行法定程序，该部分资金已处理完毕，无需再主张权利。

2. 若“扣的钱”属于其他性质（如罚款、违法所得等）

   • 罚款：若公安机关在侦查阶段以“罚款”名义扣款，需核实是否符合《行政处罚法》或《刑法》中关于罚金的规定。若扣款无合法依据（如未出具正式处罚决定书），您可向公安机关申请复议，或通过行政诉讼主张返还。
     
   • 违法所得：若扣款涉及虚开发票罪的违法所得（如您或单位因虚开发票获得的非法收入），根据《刑法》第64条，违法所得应由公安机关追缴并上缴国库。此类扣款不会退还，但您有权要求公安机关出具扣押清单、处理决定书等法律文书，确认程序合法性。
     
   • 其他财产性措施：若扣款涉及查封、冻结的财产（如银行账户资金），需根据案件最终处理结果（如撤案、无罪判决）申请解除措施并返还财产。

3. 若对扣款性质存疑或未收到法律文书

   • 核实扣款依据：要求公安机关出具扣款决定书、清单等文件，明确扣款理由、金额及法律依据。
     
   • 申请信息公开：若公安机关拒绝提供，可依据《政府信息公开条例》申请公开相关执法信息。
     
   • 申诉或诉讼：若确认扣款违法（如超范围扣押、未出具文书），可向上一级公安机关申诉，或直接提起行政诉讼。

建议行动步骤：

1. 联系办案民警或公安机关法制部门，要求说明扣款性质及处理依据；
   
2. 整理取保候审期间的所有法律文书（如取保决定书、保证金收据），核对扣款是否在文书范围内；
   
3. 若扣款无合法依据，可委托律师协助申请复议或提起诉讼。
   

温馨提示：虚开发票罪可能涉及刑事处罚（如罚金、自由刑），即使取保候审结束，仍需关注案件是否移送检察院审查起诉。如有新进展，建议及时咨询以规划应对策略。