核心结论：虚开发票已过追诉期但公安立案且取保候审的，需分情况处理，关键在于判断是否已过追诉时效、案件是否符合立案条件，以及后续如何配合程序或争取权益。以下是具体分析：

1. 先确认是否真的已过追诉时效

根据《刑法》第八十七条，追诉时效按法定最高刑确定：

• 虚开发票罪（《刑法》第二百零五条之一）一般情节处二年以下有期徒刑、拘役或管制，追诉时效为5年；
  
• 数额较大或有其他严重情节的，处二年以上七年以下有期徒刑，追诉时效为10年；
  
• 数额巨大或有其他特别严重情节的，处七年以上有期徒刑，追诉时效为15年。
  

需重点核实：

• 虚开发票的具体情节（如金额、是否造成税款损失等），以确定法定刑幅度；
  
• 从行为终了之日起算，是否已超过对应追诉时效（例如，若法定最高刑为7年，需确认是否已满10年）。
  

若确实已过追诉时效：
根据《刑事诉讼法》第十六条，犯罪已过追诉时效期限的，应当撤销案件、不起诉或终止审理。此时可向公安机关或检察院提出撤销案件的申请，要求终止刑事程序。

2. 若未过追诉时效，需积极配合取保候审程序

取保候审是临时强制措施，不代表案件终结。后续可能进入侦查、审查起诉或审判阶段，需注意：

• 遵守取保候审规定：如未经批准不得离开居住地、及时到案、不得干扰证人等，否则可能被撤销取保、逮捕；
  
• 配合侦查：公安机关可能继续调查取证（如调取账目、询问相关人员），需如实说明情况，但避免自证其罪（可要求律师在场）；
  
• 准备辩护材料：若案件进入审查起诉或审判阶段，需从“主观是否明知虚开”“是否参与核心环节”“虚开金额是否准确”等角度准备辩护意见（例如，若仅为普通员工、未参与虚开决策，可能不构成犯罪）。

3. 关键行动建议

• 立即委托律师介入：律师可查阅案卷、与办案机关沟通，确认案件是否已过追诉时效、证据是否充分，并制定辩护策略（如申请撤销案件、争取不起诉或无罪辩护）；
  
• 收集有利证据：如能证明自己未参与虚开（如工作记录、同事证言）、虚开金额不实（如账目修正证明）等，可提交给律师作为辩护依据；
  
• 避免自行处理：切勿试图销毁证据、串供或干扰证人，否则可能构成“毁灭证据罪”“妨害作证罪”，加重处罚。

总结：虚开发票案已过追诉期是否影响程序，需先核实法定刑和时效起算点；若未过期，需通过律师配合取保候审程序，并积极准备辩护。具体操作需结合案情，建议尽快委托律师分析证据、制定方案。