在医疗纠纷案中，如果死因已经明确，但司法鉴定所仍以未做尸检为由退卷，这一做法是否合理，需要分情况讨论：

1. 法律法规的明确要求：

   • 根据《医疗事故处理条例》第十八条的规定，患者死亡，医患双方当事人不能确定死因或者对死因有异议的，应当在患者死亡后48小时内进行尸检；具备尸体冻存条件的，可以延长至7日。尸检应当经死者近亲属同意并签字。这一规定主要是为了在医患双方对死因存在争议时，通过尸检来明确死因，为后续的医疗事故鉴定和责任划分提供依据。
   • 如果死因已经明确，且医患双方对此均无异议，那么进行尸检并非必要程序。此时，司法鉴定所若仅以未做尸检为由退卷，可能缺乏充分的法律依据。

2. 司法鉴定所的考量：

   • 司法鉴定所在接受委托进行医疗事故鉴定时，会依据相关的法律法规和鉴定标准进行操作。如果鉴定所认为，尽管死因已经明确，但尸检结果可能对于全面评估医疗行为与死亡结果之间的因果关系、医疗行为的过错程度等具有关键作用，那么他们可能会坚持要求尸检。然而，这种要求应当基于合理的判断和充分的依据，而非一概而论。
   • 另一方面，如果鉴定所认为，在死因明确的情况下，其他证据（如病历资料、医疗行为记录等）已经足够支持鉴定结论，那么他们可能会接受不进行尸检的情况，并依据现有证据进行鉴定。

3. 实际操作中的灵活性：

   • 在实际操作中，医疗纠纷的处理往往涉及多个方面，包括医患双方的沟通、证据的收集与整理、鉴定程序的选择等。因此，对于是否进行尸检，应当根据具体情况进行灵活处理。如果医患双方对死因无异议，且其他证据充分，那么可以不进行尸检；如果鉴定所认为尸检对于鉴定结论具有关键作用，且医患双方也同意进行尸检，那么应当进行尸检。

4. 应对策略：

   • 如果您作为医患纠纷的一方，遇到司法鉴定所以未做尸检为由退卷的情况，首先应当与鉴定所进行沟通，了解其退卷的具体原因和依据。如果认为鉴定所的要求不合理或缺乏依据，您可以向其提出异议，并要求其重新考虑或提供进一步的解释。
   • 同时，您也可以咨询其他专业的医疗纠纷律师或鉴定机构，以获取更全面的意见和建议。如果确实存在争议或无法达成一致意见，您还可以考虑通过法律途径解决纠纷，如向法院提起诉讼等。

总结来说，在医疗纠纷案中，如果死因已经明确且医患双方无异议，司法鉴定所以未做尸检为由退卷可能缺乏充分的法律依据。然而，具体是否合理还需根据鉴定所的考量、实际操作中的灵活性以及应对策略来综合判断。如果您遇到此类情况，建议及时与鉴定所沟通并咨询专业律师的意见。