结论前置：劳动合同约定已发工资包括竞业限制补偿金，这种做法通常是不合法的，但在特定条件下，如果双方有明确且合理的约定，也可能被认定为合法。不过，从法律性质、规定及实践操作角度考虑，建议用人单位将竞业限制补偿独立于工资支付，以避免潜在的劳动争议和法律风险。
详细分析：
法律性质与区别：
- 工资是劳动者付出劳动后应得的报酬，根据《关于工资总额组成的规定》，工资总额由计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、加班加点工资以及特殊情况下支付的工资这6个部分组成。它属于劳动者在职期间因工作付出而获得的收益。
- 竞业限制补偿金则是用人单位因限制劳动者离职后的就业范围而对劳动者作出的经济补偿。其支付前提是劳动者在离职后不从事与用人单位相竞争的业务，旨在弥补劳动者因竞业限制导致的就业选择受限和经济损失。
法律法规依据：
- 《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条明确规定，用人单位可以在劳动合同或保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并在解除或终止劳动合同后，按月给予劳动者经济补偿。这一规定强调了竞业限制补偿金的独立性，即它应在劳动合同解除或终止后支付，而非包含在在职期间的工资中。
- 《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第三十六条也侧面体现了竞业限制补偿应独立于工资发放的精神。它规定，如果当事人在劳动合同或保密协议中约定了竞业限制，但未约定解除或终止劳动合同后给予劳动者经济补偿，劳动者履行了竞业限制义务后，有权要求用人单位按照一定标准支付经济补偿。
司法实践考量：
- 多数司法判例倾向于认为，将竞业限制补偿混在工资里发放会损害劳动者权益，因为两者性质不同，且可能导致劳动者在职期间实际领取的工资组成不清晰。
- 如果用人单位与劳动者在劳动合同或竞业限制协议中明确约定工资中包含竞业限制补偿，并满足以下条件，有可能被认定为合法：协议中要清晰说明工资的构成部分及竞业限制补偿的具体数额和计算方式；所包含的竞业限制补偿数额应合理，不低于法定标准或行业通行标准。然而，这种做法在实际操作中存在较大风险，因为难以准确区分工资和竞业限制补偿的具体金额，且可能引发劳动争议。
实践操作建议：
- 为避免劳动争议和法律风险，用人单位应当严格按照法律规定和合同约定，在竞业限制期限内按月向劳动者支付独立的竞业限制补偿金。这样既能确保劳动者的合法权益得到保障，也能维护用人单位的商业秘密和竞争优势。
- 劳动者如认为用人单位将竞业限制补偿不合理地包含在工资中，可与用人单位协商解决；协商不成时，可通过劳动仲裁或诉讼等法律途径维护自身权益。
特殊情况说明：
如果用人单位确实希望将竞业限制补偿包含在工资中，必须确保以下几点：
- 在劳动合同或竞业限制协议中明确约定工资中包含竞业限制补偿的具体数额和计算方式；
- 确保所包含的竞业限制补偿数额合理，不低于法定标准或行业通行标准；
- 在支付工资时，明确区分工资和竞业限制补偿的金额，并保留相关支付凭证；
- 最好在协议中约定，如果劳动者离职后履行了竞业限制义务，用人单位将额外支付一定金额作为竞业限制补偿的确认或补充（尽管这种做法可能仍存在争议，但能在一定程度上增强协议的合法性和有效性）。
总结与建议：
从法律性质、规定及实践操作角度考虑，建议用人单位将竞业限制补偿独立于工资支付。这样既能确保劳动者的合法权益得到充分保障，也能避免用人单位因违法支付竞业限制补偿而引发的劳动争议和法律风险。如果您在劳动工伤或合同纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。