结论：在建筑工程纠纷中，若两个工程分别位于甲地和乙地，但被告相同，一般情况下不能直接合并起诉，但存在例外情形，如符合共同诉讼条件或法院认为可以合并审理时，可能允许合并起诉。以下从不同角度详细分析：
一、一般原则：不能直接合并起诉
地域管辖原则：
- 根据《民事诉讼法》的相关规定，民事诉讼通常遵循“原告就被告”的地域管辖原则，即原告应向被告住所地或合同履行地等有管辖权的法院提起诉讼。
- 在本题中，两个建筑工程分别位于甲地和乙地，可能意味着合同履行地不同，因此可能分别属于不同法院的管辖范围。
诉讼标的独立性：
- 每个建筑工程纠纷都是一个独立的诉讼标的，涉及不同的合同关系、工程事实和法律责任。
- 除非法律另有规定或当事人另有约定，否则不同的诉讼标的通常不能合并起诉。
二、例外情形：可能允许合并起诉
共同诉讼条件：
- 如果两个建筑工程纠纷虽然地点不同，但涉及相同的法律事实、法律关系或被告的同一行为，且符合共同诉讼的条件（如必要共同诉讼或普通共同诉讼），则可能允许合并起诉。
- 必要共同诉讼是指当事人一方或双方为两人以上，其诉讼标的是共同的，必须共同进行诉讼的诉讼。
- 普通共同诉讼是指当事人一方或双方为两人以上，其诉讼标的属于同一种类，人民法院认为可以合并审理并经当事人同意的诉讼。
法院认为可以合并审理：
- 在某些情况下，即使两个建筑工程纠纷不完全符合共同诉讼的条件，但法院出于提高诉讼效率、减少当事人诉累等考虑，也可能认为可以合并审理。
- 这通常需要法院根据具体案情进行裁量，并征求当事人的意见。
三、实际操作建议
分析案情：
- 首先，需要详细分析两个建筑工程纠纷的具体案情，包括合同内容、工程事实、法律责任等，以确定它们之间是否存在关联性和共同性。
咨询法院：
- 其次，可以向有管辖权的法院咨询，了解法院对于此类案件合并起诉的看法和态度，以及是否需要满足特定条件或程序。
准备证据：
- 如果决定尝试合并起诉，需要准备充分的证据来支持自己的主张，包括合同、工程资料、往来函件等，以证明两个建筑工程纠纷之间的关联性和共同性。
考虑分案起诉：
- 如果合并起诉存在困难或风险较大，也可以考虑分案起诉，即分别向有管辖权的法院提起诉讼。这虽然可能增加一些诉讼成本和时间成本，但可以降低诉讼风险和提高诉讼效率。
总结：在建筑工程纠纷中，若两个工程地点不同但被告相同，一般情况下不能直接合并起诉。然而，如果符合共同诉讼条件或法院认为可以合并审理时，可能允许合并起诉。因此，在实际操作中，需要根据具体案情和法院的态度来决定是否尝试合并起诉。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。