商铺使用权转让协议签40年，在符合法律规定的情况下是合法的。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据

根据《中华人民共和国城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第十二条的规定，商业、旅游、娱乐用地的土地使用权出让最高年限为四十年。这一规定为商铺使用权转让协议签40年提供了法律基础。因此，从法律层面来看，商铺的使用权转让协议签订40年并不违法。

二、使用权与产权的区别

1. 使用权商铺：购买者或受让者获得的是商铺一定期限内的使用权利，而非所有权。这意味着在40年的使用期限内，购买者或受让者可以合法使用商铺进行经营活动，但期满后需按照法律规定或合同约定处理，如续期、归还等。
2. 产权商铺：购买者获得的是商铺的所有权，包括占有、使用、收益和处分的权利。产权商铺的使用年限通常与土地使用年限一致，且到期后可通过续期等方式继续拥有。

三、合法性分析

1. 合同效力：只要商铺使用权转让协议是双方真实意思的表示，且不违反法律法规的强制性规定，该合同就是有效的。在签订合同时，双方应仔细审查合同条款，确保自身权益得到保障。
2. 登记备案：虽然使用权商铺无法办理产权登记，但受让者应要求出让者提供相关的权属证明文件，并在相关部门进行备案登记，以确保交易的合法性和安全性。
3. 风险提示：由于使用权商铺存在到期后续约的不确定性以及可能面临拆迁等风险，受让者在购买或受让前应充分了解相关情况，并谨慎评估自身风险承受能力。

四、注意事项

1. 查看证件：在签订商铺使用权转让协议前，务必查看出让者的相关证件，如土地使用证、规划许可证等，以确保项目的合法性。
2. 了解政策：关注当地政府对商业地产的政策导向和未来规划，避免因政策变动导致投资风险。
3. 明确条款：在签订转让协议时，应明确约定双方的权利和义务，特别是关于使用权期限、续约条件、违约责任等关键条款。

五、可能存在的风险及应对

1. 续约风险：商铺使用权到期后，若无法续期或续期条件不利，可能导致受让者失去商铺使用权。为应对此风险，受让者可在合同中约定续期条件或提前与出让者协商续期事宜。
2. 拆迁风险：若商铺所在区域面临拆迁，受让者可能面临补偿问题。为应对此风险，受让者可在合同中约定拆迁补偿条款或提前了解拆迁政策。

综上所述，商铺使用权转让协议签40年在符合法律规定的情况下是合法的。但受让者在签订合同时应仔细审查合同条款、查看相关证件、了解政策导向，并明确双方的权利和义务，以降低潜在的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。